2019 Fiscal Year Annual Research Report
Development of presumptive diagnostic methods for germ line mosaic variants using low frequency mosaic variants detection technologies
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16K09975
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| Research Institution | Showa University |
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Principal Investigator |
加藤 光広 昭和大学, 医学部, 教授 (10292434)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
中村 和幸 山形大学, 医学部, 助教 (20436215)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | モザイク変異 / de novo / デジタルPCR / 次世代シーケンサー / 遺伝相談 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
近年解析技術の進歩によりモザイク変異の検出機会が増えている。生殖細胞のモザイク変異は次子の再発率に影響を与えるが、その頻度は疾患毎に異なり、多くは頻度が不明で、正確な遺伝相談の足かせとなっている。低頻度体細胞モザイク変異の診断法を開発し、より正確な遺伝相談に寄与することが本研究の目的である。これまでに脳形成障害とてんかん症候群を中心に小児神経疾患の原因遺伝子解析を行い、患児と両親のトリオ検体で年間200家系以上を新たに収集した。その結果、初年度は47例、2年度53例、3年度は85例のde novo変異を同定した。モザイク変異の検出法として、次世代シーケンサーを用いたディープシーケンスのためのカスタムターゲットパネルを作成し、脳形成異常、早期発症てんかん性脳症など 19例でde novo変異を同定したが、患児および両親の検体にモザイク変異を疑わせる変異アレルと野生型アレルの比率の偏りはなかった。今年度は、当初de novoと考えられたDCX変異（c.639C>T,p.T230I）で変異アレルを疑わせるピークが認められた母親の検体を用いて、モザイク比率の確認を行った。野生型と変異型に対するTaqManR MGB probeを用いてPCR反応を行ない、QuantStudioR 3D Digital PCR (Thermo Fisher Scientific)を用いて解析した。変異型の割合は、患児で99.2%(2169/2177)、母で5.1%（204/3999）、父で0.3%(6/2250)(母と父の比率の差の検定 P値<0.001)であった。Sanger法では見逃されるモザイク変異がDigital PCRによって、具体的な比率として検出された。重篤な疾患における遺伝相談では、正確な情報提供が重要であり、Digital PCRによる解析が推奨される。
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