2018 Fiscal Year Annual Research Report
Development of recurrence risk prediction model 95-gene classifier and its application to formalin-fixed paraffin-embedded tissues.
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16K10456
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
直居 靖人 大阪大学, 医学系研究科, 助教 (30646211)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | 乳癌 / マイクロアレイ / 再発予測 / 多遺伝子アッセイ / FFPE |
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| Outline of Annual Research Achievements |
乳癌の再発予測法の開発は、術後補助化学療法の適応を決定する上で臨床現場のニーズが高く近年欧米では多重遺伝子診断法が開発され臨床応用されている。我々は本邦初の多重遺伝子診断法として、乳癌術後再発予測法「Curebest 95GC」を開発し2013年に実用化した。しかしながら本法では生検体：RNAlater浸透組織や凍結乳癌組織（-80℃）を必要とするためその保存の煩雑さが普及の妨げとなっている。そこで、本研究の目的は、Curebest 95GCをホルマリン固定パラフィン包埋組織検体（以下、FFPE検体）にも応用可能なように改良し、日常診療でより利用し易い簡便な検査法としてその普及を図ることである。
～前年度までの検討～ ①FFPE検体からのRNA抽出条件の最適化：ホルマリン濃度や浸透時間の調整等によってFFPE自体の制作過程を見直し、FFPE専用に最適化した遺伝子抽出プロトコールを作成した。
②FFPE検体由来の変性したRNAからの予測モデルの作成：Curebest 95GCの95個全ての遺伝子群を用いてFFPE検体用の予測モデルを作成した。
③生物情報学（Bioinformatics）における検討：低品質の遺伝子発現データを除去する数学的フィルタリングや、外れ値を検出する主成分分析図法等の開発によって、独自のQuality control system を確立した。
④FFPE検体専用のマイクロアレイデータ正規化法refRMAの構築：我々は新たな1症例を正確に客観的に予測診断するためのFFPE検体用正規化法（refRMA）を確立した。
～本年度の検討～ ⑤上記プロトコールの独立したValidationとして、56例の癌原発巣検体を正中切開して、片面から凍結検体、もう片面からFFPE検体をペアで作成し、それぞれ95GCを解析し、ペア間で高い一致率を得た。現在論文投稿中である。
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Research Products
(1 results)
