2018 Fiscal Year Annual Research Report
A search for moleculary targets of gliomas based on transcriptome analysis
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16K10766
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| Research Institution | Kyoto Prefectural University of Medicine |
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Principal Investigator |
早野 あづさ 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 研究員 (10379018)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
池中 一裕 生理学研究所, 生体機能調節研究領域, 特別協力研究員 (00144527) [Withdrawn]
山中 龍也 京都府立医科大学, 医学部, 教授 (20323991)
川口 淳 佐賀大学, 医学部, 教授 (60389319)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | 神経膠腫 / トランスクリプトーム / 免疫関連遺伝子 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
高速シーケンサーを用いて神経膠腫のトランスクリプトーム解析を行い、神経膠腫のサブタイプ別、初発・再発神経膠芽腫組織や神経膠腫幹細胞に特異的に発現している融合遺伝子やlncRNA・small ncRNAを含む非コードRNAなどの新規転写産物の同定および新規・既知の転写産物の定量を行い、疾患特異的なマーカーを探索し、これらの分子を標的とする新たな診断技術・分子標的療法の開発を目指す。
初発の神経膠腫腫瘍組織 12 例からRNA を抽出して、RNA-seq解析を行った。Poly(A)選択後にcDNA を合成し、シークエンスを行うが、ncRNA の解析のためにはRibo Minus Eukaryote Kit for RNA-Seq によりリボゾームRNA を除去して、Poly(A)選択を使わないRNA-seq 解析を行った。Small RNAの解析のためにはSmall RNAライブラリーを作成し、高マルチプレックスプロファイリング解析を行っている。
公共データベース(TCGA: https://cancergenome.nih.gov/)から神経膠芽腫症例の遺伝子発現情報を取得して統計学的手法により解析した結果、Th1-T細胞およびTh2-T細胞の状態をスコア化する計算式を導出することに成功した。神経膠芽腫においてはPD-L1/PD-1がん免疫機構に関与する遺伝子発現情報だけでは予後予測が難しいが、これらの遺伝子発現情報に加え、T細胞の状態(Th1, Th2)をスコア化して評価することで初めて予後予測が可能となることがわかった。また、免疫チェックポイント分子の中で神経膠芽腫症例の予後と関係する遺伝子を同定した。
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