急性腎障害に関与するmiRNA-ceRNAクロストークとバイオマーカーへの応用

2016 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 16K11416
• Research Institution: Kyoto Prefectural University of Medicine
• Principal Investigator: 徳平 夏子 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 客員講師 (60597227)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 中嶋 康文 関西医科大学, 医学部, 教授 (70326239) ; 黄瀬 ひろみ 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (90420710) [Withdrawn] ; 中山 力恒 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (90568198)
• Project Period (FY): 2016-04-01 – 2019-03-31
• Keywords: 遺伝子治療

Outline of Annual Research Achievements

本研究では、AKIを発症しやすい心臓血管手術患者周術期や、集中治療を要する重症症例の尿中及び血液中からエクソソーム、クロマチンを抽出し、次世代シーケンサーを用いてmiRNA、及びceRNA発現の網羅的解析を行う事である。本年度においては、共同研究をしている他の研究課題で、すでに尿からのエクソソーム分離にはある程度成功していたので、本研究の今年度においては、尿からのクロマチン抽出を以下の過程で、行った。
ceRNA解析　ChIP-Seq Kit を使用　　1. クロマチンサンプル作成　2. RNA polymerase II抗体を用いて、免疫沈降を施行　3. ChIP-Seq ライブラリー作成　4. シーケンシング（３時間）シーケンサーによるncRNA発現定量

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

ChIP-Seq Kit を使用した以下の過程で難渋した。

1. クロマチンサンプル作成
2. RNA polymerase II抗体を用いて、免疫沈降を施行

Strategy for Future Research Activity

本年度は、安定的なceRNA解析が施行出来る様に、実験に工夫を加える。
その過程の中で、共同研究者、連携研究者と討論を行う。

Causes of Carryover

本研究に用いられる次世代シーケンサー関連試薬、microRNA　関連試薬は、以下のように大変高価である。その他のNulcleofection法を用いた遺伝子導入関連試薬、ペプチド、PCR関連品、イ、ELISAキット、培養関連品等も、大変高価である。
また、フローサイトメトリー用の抗体は、固定標本に比べ染色時に高濃度の抗体を要する為、使用量が多くなる。以上を計算すると、１回の実験で２万円から１０万円程度のコストを要すると考える。

Expenditure Plan for Carryover Budget

on PGM 、Ion Shefシステム（次世代シーケンサー）関連試薬として　Total RNA-Seq Kit v2、Ion RNA-Seq for AB Library Builder System、Ion Xpress RNA-Seq BC 01-16 Kit、Ion 318 チップ（半導体マイクロチップ）
miRNA 関連試薬として　mirVanaTM miRNA Isolation kit 1kit、mirVana miRNA mimic。mirVana miRNA Mimic Negative Control、mirVana miRNA Mimic Positive Control、mirVana miRNA inhibitor、mirVana miRNA Inibitor Positive Control

Research Products

• [Journal Article] Factors predicting successful discontinuation of continuous renal replacement therapy. (2016)
  • Author(s): Katayama S, Uchino S, Uji M, Ohnuma T, Namba Y, Kawarazaki H, Toki N, Takeda K, Yasuda H, Izawa J, Tokuhira N, Nagata I
  • Journal Title: Anaesth Intensive Care Volume: 44 Pages: 453-7
  • DOI: 27456174
  • Peer Reviewed