遺伝子間相互作用解析を活用した口唇口蓋裂疾患感受性遺伝子の解明

2016 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 16K11689
• Research Institution: Kyushu University
• Principal Investigator: 新井 伸作 九州大学, 大学病院, 助教 (40529806)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 柴田 弘紀 九州大学, 生体防御医学研究所, 准教授 (80315093)
• Project Period (FY): 2016-04-01 – 2019-03-31
• Keywords: 口唇口蓋裂 / 関連解析

Outline of Annual Research Achievements

・サンプルの採取： 全身麻酔手術時などに採血を行うことで採取予定であり、現在行っている。
サンプル採取後は以下の解析を予定しており、今後行う予定である。
・遺伝解析：伝達不平衡解析および関連解析を行う。各候補遺伝子内にはデータベースを利用し、TagSNP を 選定する。タイピングは基本的にダイレクトシークエンス法により行う。
・遺伝子間相互作用の解析：MDR 法を用いて、単独では検出困難な感受性遺伝子も検出する。
＜遺伝子解析用サンプルの採取＞インフォームドコンセントを得られた日本人非症候性口唇口蓋裂患者・家族から末梢血を採取 する。 対照群として、インフォームドコンセントを得られた健常者から末梢血の採取を行う。血液は マスクスクリーニング用血液乾燥濾紙にて常温保存、手術または術前検査を行う場合は、その 際に全血を採取し、凍結保存し、DNA を抽出する。
＜候補遺伝子と口唇口蓋裂との関連解析＞SPRY2、FOXF2、TGFα、TGFβ3をtargetに解析を行う。また、新たな候補遺伝子の選定 我々の研究室で行った、野生型マウスの癒合前口蓋および癒合後口蓋組織より採取した RNA を 用いて抽出した DNA マイクロアレイデータの中から、発現量の大きな変化がみられた遺伝子を ピックアップすることとしている。Gene ontology 解析により発現上昇を認めた Cell adhesion、Reguration of cell proliferation 等の遺伝子群に注目し、他の報告と照らして疾患感受性遺伝子として可能 性が高いものを選定する。

Current Status of Research Progress

4: Progress in research has been delayed.

Reason

サンプリングに時間がかかっており、またローカスワイド関連解析には相当数のサンプルが必要であるため解析が困難な状況にある。

Strategy for Future Research Activity

サンプリングを継続して行うが、解析が困難と予想されるため、候補遺伝子のさらなる絞り込みのため、マウスを使用した実験を先に行うことで推進を図る。
また、遺伝解析については、関連解析のみでの推進は困難な状況にあるため、1遺伝子疾患に近い症候群などについてのサンプリングが可能であった場合に、シークエンスによる変異の検索もしくはエクソーム解析を行う予定である。

Causes of Carryover

ダイレクトシークエンスに使用するbig dieやエクソーム解析に必要な費用を使用しなかったため。

Expenditure Plan for Carryover Budget

上記実験費用を必要に応じて使用する。