2016 Fiscal Year Research-status Report
高解像度アレイCGH法によるエナメル上皮腫のゲノム診断及び分子標的薬の開発
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16K11711
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| Research Institution | Aichi Medical University |
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Principal Investigator |
風岡 宜暁 愛知医科大学, 医学部, 教授 (30233696)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
山田 陽一 愛知医科大学, 医学部, 准教授 (20345903)
大野 隆之 愛知医科大学, 医学部, 助教 (20434623)
シバスンダラン カルナン 愛知医科大学, 医学部, 講師 (30557096)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | 実験腫瘍学 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
エナメル上皮腫は歯原性腫瘍の中で最も発生頻度の高い上皮性腫瘍である。治療には広範囲の 外科切除が必要であり、外科切除後の再発を来す症例も少なくない。これまでに本疾患に染色体 異常が存在することは報告されているものの腫瘍の増殖・進展など病態に関与するゲノム異常は 特定できていないのが現状である。本研究では、最新のオリゴアレイ CGH(comparative genomic hybridization)による高解像度ゲノム解析技術を用いて、エナメル上皮腫の新たな微細なゲノム異常領域(増幅と欠損)を体系的に探索し、腫瘍関連遺伝子を同定することを目的とする。
平成28年度は、エナメル上皮腫6検体を収集し、ゲノム DNA および RNA を抽出・解析をおこなった。解析は Agilent 社の高密度オリゴアレイ CGH を用いて、微小なゲノム異常(増幅や欠損)の体系的な検出に取り組んだ。抽出した患者由来ゲノム DNA と正常コントロール DNA2μg を用いてオリゴアレイ CGH解析を行った。得られた蛍光強度のデータを DNA Analytics software (Ver4.0.81, Agilent 社)を利用して解析し、ゲノム異常領域を抽出した。これまでにゲノム欠損領域として、Chr3p12.3 (候補遺伝 子: ZNF717, MicroRNA 4273, 頻度 50%)、Chr7q22.1 (候補遺伝子: ZAN, 頻度 75%)などを見出しており、今後も症例数を増やし詳細な検討を続けていく。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
平成28年度は、エナメル上皮腫６検体のオリゴアレイCGH解析をおこなった。本研究は平成30年度までに10検体の解析を予定している。オリゴアレイCGH解析後、ゲノム異常の頻度が高い領域を優先的に選抜し、ゲノム異常に存在する遺伝子を抽出した後に、リアルタイム PCR 法を用いた遺伝子発現量の測定や、ホルマリン・パラフィンサンプルを用いた候補遺伝子由来のタンパク質の存在を検討する期間を考慮しても、本研究は、おおむね順調に進展していると考える。
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| Strategy for Future Research Activity |
平成28年度は、エナメル上皮腫6検体のオリゴアレイＣＧＨ解析をおこなった。平成29年度中に本研究で目標としている残り4検体のオリゴアレイＣＧＨ解析をおこなう予定である。現在までに、いくつかの候補遺伝子の存在が示唆されており、今後、定量的 RT-PCR 法を用いて候補遺伝子のメッセンジ ャーRNA (mRNA)発現量を確認し、ホルマリン・パラフィンサンプルを用いて免疫染色をおこない、候補遺伝子由来のタンパク質の存在を解析する。
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| Causes of Carryover |
本年度、オリゴアレイＣＧＨ解析をおこなった６検体のうち、2検体は採取時期がほぼ同時であった。そのため、ＤＮＡおよびＲＮＡ抽出に必要な試薬、消耗品の購入を一括で行うことが出来たこと、効率的に使用できたことによりコスト削減が可能であった。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
本年度は、同時期に検体採取が可能であったが、疾患の発生頻度から考えると、このようなタイミングでの検体採取が今後も起こる可能性は低い。逆に、採取間隔が開いた際には、正確な測定を行う為に、単検体での測定が必要となるため、測定当たりコストは上昇する。予定している残り４検体に対して必要な試薬・消耗品コストに誤差が生じる可能性があり、本年度の残額は、次年度のオリゴアレイＣＧＨ解析コストで使用する予定である。
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