2016 Fiscal Year Research-status Report
多階層ゲノミクスデータ流通におけるアジア拠点の構築
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16K12529
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| Research Institution | Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
川路 英哉 国立研究開発法人理化学研究所, 情報基盤センター, 開発ユニットリーダー (20525406)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | genome / epigenome / transcriptome / database / bioinformatics / genomics |
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| Outline of Annual Research Achievements |
The UCSC Genome Browser データベース開発者との技術的な議論や、運用方針の概要を定めた上でデータベース・ミラーの立ち上げを行った。共同作業の枠組みとしては、これまでに地道に積み重ねてきた議論をベースにした結果、比較的スムーズに定めることができた。また、サーバーやネットワークに関する技術的な困難がいくつかあったが、以前に準備した計算資源の活用等を通じ、解決することができた。本ミラーの立ち上げに要する期間として、一年程度を想定していたが、半年を待たずに立ち上げることができたのは、予想を上回る進展であった。これらの成果について、積極的な成果発表を行った (理研トピックス 2016、トーゴーの日シンポジウム2016、第39回分子生物学会、など)ほか、本データベースを効率的に用いる概念実証研究についても取り組み、実際のデータ共有も実施した (Lizio et al. Nucleic Acids Res. 45: D737-D743, 2017)。
今後は、本データベース・ミラーの安定運用に関する実績を積み重ねると共に、早急に解決されるべき問題、長期的視点の対応が必要な課題を洗い出す。短期的に対応できるものについては機動的に対応すると共に、長期的な取り組みが必要なものに関しては、対応方針を検討する。その他、データベース活用による更なるデータ共有に関しても取り組む予定である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
1: Research has progressed more than it was originally planned.
Reason
The UCSC Genome Browser データベース開発者との技術的な議論や、運用方針の概要を定めた上でデータベース・ミラーの立ち上げを行った。共同作業の枠組みとしては、これまでに地道に積み重ねてきた議論をベースにした結果、比較的スムーズに定めることができた。また、サーバーやネットワークに関する技術的な困難がいくつかあったが、以前に準備した計算資源の活用等を通じ、解決することができた。本ミラーの立ち上げに要する期間として、一年程度を想定していたが、半年を待たずに立ち上げることができたのは、予想を上回る進展であった。これらの成果について、積極的な成果発表を行った (理研トピックス 2016、トーゴーの日シンポジウム2016、第39回分子生物学会、など)ほか、本データベースを効率的に用いる概念実証研究についても取り組み、実際のデータ共有も実施した (Lizio et al. Nucleic Acids Res. 45: D737-D743, 2017)。
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| Strategy for Future Research Activity |
本データベース・ミラーの安定運用に関する実績を積み重ねると共に、早急に解決されるべき問題、長期的視点の対応が必要な課題を洗い出す。短期的に対応できるものについては機動的に対応すると共に、長期的な取り組みが必要なものに関しては、対応方針を検討する。その他、データベース活用による更なるデータ共有に関しても取り組む予定である。
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| Causes of Carryover |
必要とされる計算機他設備を当該年度に導入予定であったが、既存設備の有効活用を図ることができたため。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
現在の計算設備は既存品の再利用であることから、これの安定維持のための費用を想定している。その他、計算設備の増強等も検討する。
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Research Products
(6 results)
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[Journal Article] Update of the FANTOM web resource: high resolution transcriptome of diverse cell types in mammals2017
Author(s)
Lizio M, Harshbarger J, Abugessaisa I, Noguchi S, Kondo A, Severin J, Mungall C, Arenillas D, Mathelier A, Medvedeva YA, Lennartsson A, Drablos F, Ramilowski JA, Rackham O, Gough J, Andersson R, Sandelin A, Ienasescu H, Ono H, Bono H, Hayashizaki Y, Carninci P, Forrest ARRR, Kasukawa T, Kawaji H.
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Journal Title
Nucleic Acids Research
Volume: 45
Pages: D737-D743
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
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