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2017 Fiscal Year Research-status Report

生細胞内のグアニン四重鎖を可視化するライトアップ型リガンドの創製

Research Project

Project/Area Number 16K13094
Research InstitutionTokyo University of Agriculture and Technology

Principal Investigator

長澤 和夫  東京農工大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (10247223)

Project Period (FY) 2016-04-01 – 2019-03-31
Keywordsグアニン4重鎖 / ライトアップ / リガンド / 大環状ポリオキサゾール / 蛍光リガンド
Outline of Annual Research Achievements

グアニン四重鎖(以下G4)は、グアニンが豊富な核酸の1本鎖領域で可逆的に形成される核酸の高次構造の1つである。近年、DNAの複製、遺伝子の転写調節などの生命現象を直接的に制御することが報告されている。一方、これまでに生細胞内でのG4形成を直接確認した例はない。
そこで本研究では生細胞内でのG4形成を、リガンドを用いて直接可視化することを計画した。特に、G4構造を形成したときに相互作用し、同時に蛍光特性が変化するリガンド(ライトアップ型リガンド)の創製を目的とした。
これまでに我々は、G4と選択的かつ強力に相互作用する大環状ヘキサオキサゾール化合物(以下6OTD)の創製を報告している。また6OTDのG4に対する相互作用様式も、明らかにしている。これらの知見を基に、6OTDの側鎖にG4との会合により蛍光特性が変化する置換基を導入した化合物を設計し、その合成を行った。即ちグリシンのα位にアリル基を有する6OTD誘導体を合成した。ついで当該アリル基とのメタセシス反応により側鎖末端にナフチル基が導入された、新規蛍光G4リガンドの創製に成功した。合成したリガンドについて種々物性を評価したところ、当該リガンドはG4形成配列と選択的に相互作用し、かつその構造を安定化すること、また相互作用することで蛍光特性が大きく変化することがわかった。この蛍光特性の変化は、核酸との相互作用による疎水場効果によることも明らかにした。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本年度は、側鎖にナフチル基を導入した新規6OTDリガンドを計画し、合成することができた。合成した化合物は、G4と相互作用し、その複合体を安定化することがわかった。さらにG4形成時と非形成時とでの蛍光特性が変化することを明らかにし、ライトアップ型リガンドの創製に成功した。またさらに細胞内でのG4検出に適応したところ、当該リガンド由来の蛍光を観察することができた。以上のことから、本研究が順調に進展していると判断した。

Strategy for Future Research Activity

今年度、G4形成により蛍光特性が変化する新規リガンドの創製に成功した。現在、当該リガンドを用い、生細胞内での観察に関して予備的な知見が得られている。今後はこの知見の再現性の確認と、蛍光特性が変化した箇所の、より詳細な解析(G4形成の有無の確認)を検討していく。

Causes of Carryover

in vitroのレベルで相互作用するDNAの環境の違いにより異なる蛍光特性を示すリガンドを創製することができた。現在in vivoにおける予備的な知見は得ているが、当該機能特性に関する再現の確認実験、またこれらの成果の論文投稿のための追加実験が必要となった。
そのため期間を延長し上述の実験を実施するとともに、これらに係る消耗品費、分析に関する費用、成果の論文投稿費用として使用を計画する。

  • Research Products

    (18 results)

All 2018 2017

All Journal Article (7 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 4 results) Presentation (11 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Identification of G-quadruplex clusters by high-throughput sequencing of whole-genome amplified products with a G-quadruplex ligand2018

    • Author(s)
      Yoshida Wataru、Saikyo Hiroki、Nakabayashi Kazuhiko、Yoshioka Hitomi、Bay Daniyah Habiballah、Iida Keisuke、Kawai Tomoko、Hata Kenichiro、Ikebukuro Kazunori、Nagasawa Kazuo、Karube Isao
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 8 Pages: 3116

    • DOI

      10.1038/s41598-018-21514-7

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] FAN1 interaction with ubiquitylated PCNA alleviates replication stress and preserves genomic integrity independently of BRCA22017

    • Author(s)
      Porro Antonio、Berti Matteo、Pizzolato Julia、Bologna Serena、Kaden Svenja、Saxer Anja、Ma Yue、Nagasawa Kazuo、Sartori Alessandro A.、Jiricny Josef
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 8 Pages: 1073

    • DOI

      10.1038/s41467-017-01074-6

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Identification of G-quadruplex structures that possess transcriptional regulating functions in the Dele and Cdc6 CpG islands2017

    • Author(s)
      Bay Daniyah H.、Busch Annika、Lisdat Fred、Iida Keisuke、Ikebukuro Kazunori、Nagasawa Kazuo、Karube Isao、Yoshida Wataru
    • Journal Title

      BMC Molecular Biology

      Volume: 18 Pages: 17

    • DOI

      10.1186/s12867-017-0094-z

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structure-Dependent Binding of hnRNPA1 to Telomere RNA2017

    • Author(s)
      Liu Xiao、Ishizuka Takumi、Bao Hong-Liang、Wada Kei、Takeda Yuma、Iida Keisuke、Nagasawa Kazuo、Yang Danzhou、Xu Yan
    • Journal Title

      Journal of the American Chemical Society

      Volume: 139 Pages: 7533~7539

    • DOI

      10.1021/jacs.7b01599

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Adaptive and Specific Recognition of Telomeric G-Quadruplexes via Polyvalency Induced Unstacking of Binding Units2017

    • Author(s)
      Abraham Punnoose Jibin、Ma Yue、Li Yuanyuan、Sakuma Mai、Mandal Shankar、Nagasawa Kazuo、Mao Hanbin
    • Journal Title

      Journal of the American Chemical Society

      Volume: 139 Pages: 7476~7484

    • DOI

      10.1021/jacs.7b00607

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Targeting glioma stem cells in vivo by a G-quadruplex-stabilizing synthetic macrocyclic hexaoxazole2017

    • Author(s)
      Nakamura Takahiro、Okabe Sachiko、Yoshida Haruka、Iida Keisuke、Ma Yue、Sasaki Shogo、Yamori Takao、Shin-ya Kazuo、Nakano Ichiro、Nagasawa Kazuo、Seimiya Hiroyuki
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 7 Pages: 3605

    • DOI

      10.1038/s41598-017-03785-8

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] A G-quadruplex structure at the 5′ end of the H19 coding region regulates H19 transcription2017

    • Author(s)
      Fukuhara Mitsuko、Ma Yue、Nagasawa Kazuo、Toyoshima Fumiko
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 8 Pages: 45815~45815

    • DOI

      10.1038/srep45815

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] グアニン四重鎖構造の可視化を志向した大環状ヘキサオキサゾール化合物の合成2018

    • Author(s)
      安田瑞穂、馬悦、佐々木捷悟、清宮啓之、Young-Tae Chang、長澤和夫
    • Organizer
      日本化学会 第98回春季年会
  • [Presentation] グアニン四重鎖構造を安定化するマルチバレント型大環状ヘキサオキサゾール化合物の合成および物性評価2018

    • Author(s)
      佐々木捷悟、馬悦、Hanbin Mao、 長澤和夫
    • Organizer
      日本化学会 第98回春季年会
  • [Presentation] グアニン四重鎖と相互作用する大環状オキサゾール型蛍光リガンドの創製2018

    • Author(s)
      馬悦、飯田圭介、長澤和夫
    • Organizer
      日本化学会 第98回春季年会
  • [Presentation] Synthesis of cyclic polyoxazole compound as i-motif binder2017

    • Author(s)
      Shadi Sedghi Masoud, Yue Ma, Adrien Marchand, Valerie Gabelica, Yudai Yamaoki, Masato Katahira, Anh Tuan Phan, Kazuo Nagasawa
    • Organizer
      6th International Meeting on Quadruplex Nucleic Acids: G4thering in Prague
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Synthesis and evaluation of ligand for selective induction of topologies in telomeric G-quadruplex2017

    • Author(s)
      Yue Ma, Shogo Sasaki, Kazuo Nagasawa
    • Organizer
      6th International Meeting on Quadruplex Nucleic Acids: G4thering in Prague
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Synthesis and evaluation of a linear hexaoxazole as G-quadruplex stabilizing ligands2017

    • Author(s)
      Shogo Sasaki、Yue Ma, Kazuo Nagasawa
    • Organizer
      6th International Meeting on Quadruplex Nucleic Acids: G4thering in Prague
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] グアニン四重鎖を安定化する光架橋型低分子化合物の創製と活性評価2017

    • Author(s)
      佐久間麻衣、松田未沙子、馬悦、塚越かおり、池袋一典、長澤和夫
    • Organizer
      日本ケミカルバイオロジー学会 第12回年会
  • [Presentation] テロメアグアニン四重鎖のトポロジー制御を志向したリガンドの創製と機能評価2017

    • Author(s)
      馬悦、佐々木捷悟、長澤和夫
    • Organizer
      日本ケミカルバイオロジー学会 第12回年会
  • [Presentation] 中分子が拓くがん化学療法2017

    • Author(s)
      長澤 和夫
    • Organizer
      化学フェスタ
    • Invited
  • [Presentation] グアニン四重鎖を安定化する低分子化合物の創製及び神経膠腫幹細胞に対する選択的増殖抑制効果2017

    • Author(s)
      中村貴大、馬悦、岡部幸子、吉田喜香、矢守隆夫、新家一男、中野伊知郎、清宮啓之、長澤和夫
    • Organizer
      第35回 メディシナルケミストリーシンポジウム
  • [Presentation] Interaction of a cyclic tetraoxazole with i-motif DNA and its effect on this structure2017

    • Author(s)
      Shadi Sedghi Masoud, Yudai Yamao, Yue Ma, Masato Katahira, Kazuo Nagasawa
    • Organizer
      ISNAC 2017 (The 44rd International Symposium on Nucleic Acids Chemistry)
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2018-12-17  

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