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2018 Fiscal Year Annual Research Report

Spatial-temporal virus dynamics based on reaction-diffusion model

Research Project

Project/Area Number 16K13777
Research InstitutionKyushu University

Principal Investigator

岩見 真吾  九州大学, 理学研究院, 准教授 (90518119)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 本田 知之  大阪大学, 医学系研究科, 准教授 (80402676)
Project Period (FY) 2016-04-01 – 2019-03-31
Keywords数理モデル / 時空間動態
Outline of Annual Research Achievements

反応拡散方程式を基盤にしたデータ解析理論を構築し、ボルナウイルスを用いた培養細胞実験の時空間データを定量的に解析していく。非感染細胞であるOL細胞と持続感染細胞であるOB細胞を標的細胞として感染実験を行った結果、OL細胞間においてボルナウイルスが効率的に感染を伝播する事が分かった。さらに、その原因を調べるために各感染細胞内で複製されるゲノム数を解析すると、OL細胞において効率的にウイルス複製が行われている事も明らかになった。ボルナウイルスは主にcell-to-cellで感染を広げる事実と合わせて考えると、感染細胞内のウイルスゲノム数に応じて感染力、あるいは、反応拡散係数が変化する事が予想される。開発した数理モデルとデータ解析理論より、標的細胞の違いに応じたパラメータ推定を行い、ボルナウイルスの感染機構を明らかにした。今後、ボルナウイルスがどのような理由でcell-to-cellを効率よく行っているのかを解明すれば、対応するプロセスを阻害する事で全く新しい機序を持つ抗ウイルス薬を開発できる可能性がある。この様に、実験データを数理科学的に解析する学際的融合研究を実施する事で「実験科学の直感からは見出されない現象の定量化」が達成された。私達が提案したアプローチは、ボルナウイルスのみならず様々なウイルスを用いた時空間データ解析に応用可能である事より、本研究成果を応用して、エボラウイルスやヘルペスウイルスの時空間動態を定量的に解析する共同研究を進めている。

  • Research Products

    (12 results)

All 2019 2018 Other

All Int'l Joint Research (3 results) Journal Article (6 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 5 results) Presentation (3 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 1 results)

  • [Int'l Joint Research] INSERM(フランス)

    • Country Name
      FRANCE
    • Counterpart Institution
      INSERM
  • [Int'l Joint Research] UNSW(オーストラリア)

    • Country Name
      AUSTRALIA
    • Counterpart Institution
      UNSW
  • [Int'l Joint Research] ICL(英国)

    • Country Name
      UNITED KINGDOM
    • Counterpart Institution
      ICL
  • [Journal Article] Epidermal growth factor receptor is a host-entry cofactor triggering hepatitis B virus internalization2019

    • Author(s)
      Iwamoto Masashi、Saso Wakana、Sugiyama Ryuichi、Ishii Koji、Ohki Mio、Nagamori Shushi、Suzuki Ryosuke、Aizaki Hideki、Ryo Akihide、Yun Ji-Hye、Park Sam-Yong、Ohtani Naoko、Muramatsu Masamichi、Iwami Shingo、Tanaka Yasuhito、Sureau Camille、Wakita Takaji、Watashi Koichi
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: in press Pages: in press

    • DOI

      10.1073/pnas.1811064116

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Mathematical Analysis of a Transformed ODE from a PDE Multiscale Model of Hepatitis C Virus Infection2019

    • Author(s)
      Kitagawa Kosaku、Kuniya Toshikazu、Nakaoka Shinji、Asai Yusuke、Watashi Koichi、Iwami Shingo
    • Journal Title

      Bulletin of Mathematical Biology

      Volume: 81 Pages: 1427~1441

    • DOI

      10.1007/s11538-018-00564-y

  • [Journal Article] Quantitative Immunology by Data Analysis Using Mathematical Models2019

    • Author(s)
      Iwanami Shoya、Iwami Shingo
    • Journal Title

      Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology

      Volume: 2 Pages: 984~992

    • DOI

      10.1016/B978-0-12-809633-8.20250-1

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Dynamics of HIV-1 coinfection in different susceptible target cell populations during cell-free infection2018

    • Author(s)
      Ito Yusuke、Tauzin Alexandra、Remion Azaria、Ejima Keisuke、Mammano Fabrizio、Iwami Shingo
    • Journal Title

      Journal of Theoretical Biology

      Volume: 455 Pages: 39~46

    • DOI

      10.1016/j.jtbi.2018.06.025

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] A PDE multiscale model of hepatitis C virus infection can be transformed to a system of ODEs2018

    • Author(s)
      Kitagawa Kosaku、Nakaoka Shinji、Asai Yusuke、Watashi Koichi、Iwami Shingo
    • Journal Title

      Journal of Theoretical Biology

      Volume: 448 Pages: 80~85

    • DOI

      10.1016/j.jtbi.2018.04.006

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Malaria incidences in South Africa linked to a climate mode in southwestern Indian Ocean2018

    • Author(s)
      Behera Swadhin K.、Morioka Yushi、Ikeda Takayoshi、Doi Takeshi、Ratnam Jayanthi V.、Nonaka Masami、Tsuzuki Ataru、Imai Chisato、Kim Yoonhee、Hashizume Masahiro、Iwami Shingo、Kruger Philip、Maharaj Rajendra、Sweijd Neville、Minakawa Noboru
    • Journal Title

      Environmental Development

      Volume: 27 Pages: 47~57

    • DOI

      10.1016/j.envdev.2018.07.002

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Presentation] 1.Quantifying antiviral activity optimizes drug combinations against hepatitis C virus infection2018

    • Author(s)
      Shingo Iwami
    • Organizer
      ECMTB2018
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 2.PKPDVD modeling for multi-drug treatment on HCV infection2018

    • Author(s)
      Shingo Iwami
    • Organizer
      KSIAM2018
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Characterizing SHIV infection in vitro and in vivo2018

    • Author(s)
      Shingo Iwami
    • Organizer
      SMB&JSMB2018
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2019-12-27  

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