2018 Fiscal Year Annual Research Report
Development of a method for medium-length RNA, and functional analysis of SINE non-coding RNAs
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16K14784
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| Research Institution | Nagoya University |
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Principal Investigator |
一柳 健司 名古屋大学, 生命農学研究科, 教授 (70401560)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | レトロトランスポゾン / RNAシーケンシング / DNAメチル化 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
SINEは哺乳類ゲノムに50万コピー以上も存在する150-300bp程度の転移性因子で、その転写産物は非コードRNAであるが、遺伝子発現制御に関わることが示唆されている。これらの因子の遺伝学解析のためには、まず、どのコピーが転写されているのかを同定する必要がある。そこで、本研究ではmiRNAよりは長いがmRNAよりは短い中程度の長さのRNA（meRNAまたはmedium length RNAと呼ぶ）を網羅的に同定する方法を開発し（meRNAシーケンシング）、それを応用して転写されているSINEコピーを同定することを目的として研究を行った。脳、肝臓、精巣のRNAを用いて、meRNAシーケンシング法の開発に成功し、5'末端処理を行った場合のみ、SINE配列を取得することができた。これは、SINE RNAの5'末端を正確に決定できていることを意味する。SINEはサブファミリーによってゲノムコピー数あたりの発現量が異なっており、転移した時期が最近のものほど発現量が多かった。さらに、精原細胞（精子幹細胞）でも同様の解析を行い、すでに公開されている精原細胞のDNAメチル化データと比較したところ、精原細胞で発現しているSINEコピーはDNAが低メチル化していローカスに由来するものがほとんどであることがわかった。次に、DNAメチル化異常となるマウスの精原細胞でmeRNAシーケンシングを行い、DNAメチル化が減少するとSINE発現が上昇することを明らかにした。これらの結果から、SINEの転写がDNAメチル化による制御を受けていることを明らかにした（論文投稿中）。
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