2017 Fiscal Year Research-status Report
海洋に溢れる未知ウイルスの正体は珪藻ウイルスに寄生するウイルスか？
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16K14963
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| Research Institution | Fisheries Research and Education Agency |
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Principal Investigator |
外丸 裕司 国立研究開発法人水産研究・教育機構, 瀬戸内海区水産研究所, 主任研究員 (10416042)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | 珪藻 / サテライトウイルス / ウイルス |
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| Outline of Annual Research Achievements |
海洋性浮遊珪藻キートセロス・デビリスに感染するウイルス様因子の昨年度とは異なる別株の塩基配列解析を実施した。次世代シークエンシングに供するに十分な核酸が得られなかったため、ランダムPCRによる増幅とサンガーシークエンスを用いて解析を実施した。その結果、ChV83に含まれるサテライトウイルス様配列と相同な配列が検出された。また、この配列には他のRNAウイルスに付随するサテライトウイルスのカプシドタンパク質と相同な配列が含まれ散ることが明らかとなった。さらに、系統解析を行った結果、本課題で得られたサテライトウイルス由来のカプシドタンパク質と植物RNAサテライトウイルスのそれとが単系統を成した。このことは、このことはカプシドタンパク質を基準として、サテライトウイルスは他のウイルスグループと独立していることが推察された。
半連続培養下で対数増殖状態にある珪藻培養に対し、サテライトウイルスを含むと予想されるDNAウイルスを接種し、ウイルスの宿主珪藻に対する殺藻性評価系の構築を試みた。フローサイトメーターを用い、死亡した細胞を除外しつつ、さらに分裂した珪藻細胞生細胞と非分裂細胞とを区別しながら計数するための染色方法について検討を行った。具体的には死細胞染色剤、ならびに珪藻の新規合成殻を染色するための蛍光染色剤の併用を検討した。クロロフィル自家蛍光の影響が大きく区別困難と思われたが、染色剤濃度やデータ補正処理などの操作により、区別が可能なレベルに達した。
また、サテライトウイルスを現場環境中からPCRで検出するためのプライマーを設計するとともに、現場の泥から当該ウイルスを検出するための手順を設計した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
予定していた実験を概ね完了することに成功した。難易度の高い試験についてはチャレンジを続けている。また、来年度の研究を進めていくための準備も着実に行っている。以上のことから、本課題は概ね順調に進展していると判断した。
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| Strategy for Future Research Activity |
本年度に実施していた研究内容について、論文化するにあたって必要な情報収集を継続して行う。また、現場におけるサテライトウイルスの存在を確認するため、本年度設計した検出手法を現場サンプルに適用する。その情報を基に、現場におけるサテライトウイルスの挙動を予測する。また、新奇サテライトウイルスを分離し、その性状を確認することで、珪藻に関連するサテライトウイルスグループの全体像把握に資する。
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| Causes of Carryover |
本年度は実験が順調に進行し、研究経費をコンパクトにまとめることが出来た。次年度に使用する経費は、さらに研究を加速させるため人件費に充てる予定である。
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Research Products
(4 results)
