2017 Fiscal Year Annual Research Report
Genome wide association study of the useful traits in wild fish using the next generation sequencer.
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16K14972
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| Research Institution | Tokyo University of Marine Science and Technology |
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Principal Investigator |
坂本 崇 東京海洋大学, 学術研究院, 教授 (40313390)
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2016-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | アユ / 冷水病 / 次世代シーケンサー / 感染実験 / ゲノム / 育種 / 耐病性 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
1. 天然魚を用いた冷水病人為感染実験
昨年度に実施した宮崎県で採捕される天然魚を用いた実験では使用できる魚体サイズが大きいため、その後の相関解析に十分なサンプル数が得られないと判断し、今年度は東京都から分与された多摩川河口域で採捕されたアユ（約400尾）を用いて実験を行なった。20尾を用いた複数の予備実験の結果、死亡率が約80-100%になる条件を明らかにした。最終試験として、ストック飼育水槽で約300尾を用いた感染実験を行なったが、期待通りの死亡率が得られなかった。
2. 次世代シーケンサーを用いた全ゲノム相関解析
期待通りの死亡率は得られなかったが、感染実験サンプル（生残魚／死亡魚）をより詳細な解析が可能な全ゲノムリシーケンス解析に供試し、表現型（生残／死亡）とSNPsとの全ゲノム相関解析を行なった。これまでのところ、表現型とSNPsとの関連性は明らかにならなかった。
3. 人為的な冷水病淘汰による天然集団の遺伝的変遷の解析
これまでの冷水病抵抗性解析では、共同研究先である広島県のサンプルを用いて多くの解析が進められており、他県種苗における冷水病抵抗性形質と冷水病抵抗性ゲノム領域との関係性は明らかになっていない。そのため、岐阜県で行われてきた冷水病選抜育種によるサンプルを用いて、遺伝的変遷を解析した。MSマーカーによる解析の結果、冷水病選抜育種前と冷水病選抜育種が繰り返し行われた後の集団では、冷水病抵抗性ゲノム領域が遺伝的に特に変化していることが明らかになった。さらに、これらのサンプルについて冷水病抵抗性ゲノム領域に配置した69座のSNPマーカーを用いて詳細に解析した結果、抵抗性形質向上に関連性が期待されるSNPマーカー11座が検出された。今後は、これらのSNPマーカーを用いて、宮崎県産天然魚および東京都産天然魚の感染実験サンプルを用いた相関解析を行う予定である。
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