2017 Fiscal Year Annual Research Report
Development of Indel markers and the estimation of gene flow and admixture in cattle
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16K15025
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| Research Institution | Kobe University |
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Principal Investigator |
万年 英之 神戸大学, 農学研究科, 教授 (20263395)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
下桐 猛 鹿児島大学, 農水産獣医学域農学系, 准教授 (40315403)
笹崎 晋史 神戸大学, 農学研究科, 准教授 (50457115)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | ウシ / Indel / 起源 / 遺伝的混在 / 遺伝的構造 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
一般的なDNAマーカーであるマイクロサテライトや一塩基多型(SNP)は高度な可逆性を有し、家畜化や品種造成時における別系統からの遺伝子流入を推定する際に、誤った結果をしばしば導いていた。本課題では、家畜ウシにおける不可逆性Indel多型マーカーによる遺伝子流入の新たな推定法を確立し、家畜ウシ2亜種の家畜化初期における遺伝子流入の可能性と交雑程度を推定する。
現在、ウシの全塩基配列の基本配列は西洋品種(ヘレフォード)である。インド系ウシの塩基配列の利用は限定的であるため、インド系ウシ3頭を用いた全ゲノムリシーケンスを実施した。全ゲノムリシーケンスにより得られた変異は約3800万であり、そのうちIndel変異は380万であった。50bp以上のIndel長に加え、インド系ウシと北方系ウシで差のある変異を選出したところ、967Indelが検出できた。その中で、反復配列やAGTC比率の偏った配列を除去し、265のIndelマーカー候補を得た。
この候補マーカーの中から、各常染色体から2つずつ選出しマーカーとして供した。これらのIndelがマーカーとして利用できるかを検討するために、インド系ウシ8頭、北方系ウシ8頭を用いてPCR増幅と多型の有無を調査した。
その結果、48 IndelマーカーでPCR 増幅が認められ、43 Indelで変異が認められた。この変異の分布を詳細に調査したところ、北方系ウシでは比較的変異が固定しているが、インド系ウシでは亜種内で変異を持つ割合が高いことが示された。これら2亜種の祖先は33万年前に分岐したことが示唆されているが、変異分布にばらつきがあることは、インド系ウシにおいて家畜化の初期段階で北方系ウシとの遺伝的混在があったことを示唆していた。
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