2017 Fiscal Year Annual Research Report
Shotgun proteomics beyond trypsin
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16K15107
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
石濱 泰 京都大学, 薬学研究科, 教授 (30439244)
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2016-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | ショットガンプロテオミクス |
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| Outline of Annual Research Achievements |
従来の「トリプシン消化ペプチドのLC-MS/MS解析に基づくショットガンプロテオミクス」の限界を突破する新世代ショットガンプロテオミクスプラットフォーム’Shotgun Proteomics Beyond Trypsin’の開発を目指し、タンデム質量分析における衝突誘起解離効率を指標にして、試料ペプチドの末端化学構造を修飾することにより、あらゆるペプチドに対して高い決定率でアミノ酸配列情報を取得可能な新規ペプチドシークエンス解析法を開発する。さらに本法を様々なタンパク質消化酵素法や化学的断片化法と組み合わせることにより、配列カバー率の向上を可能とするタンパク質シークエンス解析法の開発を目的とする。
本年度は、新規プロテアーゼの開拓に取り組み、LysArgaseに属するTrypNを検討した。消化条件を最適化するとともに、生成するペプチドの分離条件およびMS条件を調べた。特にイオン交換クロマトグラフィーを積極的に利用する分離条件を検討し、トリプシン消化ペプチドとの比較において、陽イオン交換クロマトグラフィーにおいて正電荷の位置による分離が可能であることを見出した。また、陰イオンクロマトグラフィーではπ-陽イオン間相互作用が重要であることも新たに見出した。これらの性質を利用して、TrypN消化後に陽イオン交換クロマトグラフィー分離を行うことにより、タンパク質N末端ペプチドを選択的に濃縮可能であることを示した。また、トリプシン消化後にアミノ基を化学修飾し、イオン交換クロマトグラフィーで分離することにより、タンパク質C末端ペプチドについても濃縮が可能であった。
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Research Products
(10 results)
