2016 Fiscal Year Research-status Report
Development of Digital Isothermal Nucleic Acid Amplification for Rapid Quantification
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16K15334
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| Research Institution | Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
田中 佑治 国立研究開発法人理化学研究所, 情報基盤センター, センター研究員 (40625513)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
寺尾 泰久 順天堂大学, 医学部, 先任准教授 (00348997)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | デジタル等温増幅法 / 子宮体癌 / 迅速診断 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
逆転写を伴う等温増幅法にて、フルオロジェニックプローブの導入とデジタル化による定量性の改善効果を評価した。まず通常のチューブ反応による検出時間を用いた評価方法にて、一般的な蛍光インターカレーターとフルオロジェニックプローブを比較した。すると一般的な蛍光インターカレーターは、１万コピーを下回るとコピー数が変化しても検出時間は変わらず定量ができなかっただけでなく、テンプレートなしでもシグナルが検出された。これに対して、後者は１万コピー以下でも10倍程度の差であれば検出時間に統計学的有意差が認められ、テンプレートなしでシグナルが検出されなかった。次にデジタル定量プラットフォームを用いて両者のプローブの効果を検証した。このデジタル定量においても通常の蛍光インターカレーターでは、バックグラウンドが大きく上昇し、定量が困難であるのに対し、フルオロジェニックプローブはバックグラウンドの上昇が抑制されていることも分かった。また、定量に適した反応時間が存在するため、最適化が必要であることが分かった。フルオロジェニックプローブを用いて、最適な反応時間で定量すれば、一般的なチューブ反応では困難であった１万コピー以下であっても2倍程度の差を識別できることが分かった。さらに最終年度に取り組むがんマーカーキットの作成に向けて、汎用がんマーカーや、子宮体癌リンパ節転移予測マーカーの候補から、検出対象とするがんマーカーの絞り込みを行い、子宮体癌リンパ節転移予測マーカー２つを決定した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
研究項目は予定通り実施され、概ね期待通りの結果が得られている。
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| Strategy for Future Research Activity |
概ね計画通りに実施するが、研究代表者の異動に伴い、研究体制の変更を行う予定である。
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| Causes of Carryover |
次年度に実施する等温増幅用プライマーの開発をより円滑に実施するため、試薬の再利用や初年度の検証事項を再度見直しや、終了した他プロジェクトで残存した消耗品の活用など、最大限効率化した。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
等温増幅用プライマーの開発に活用する。
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[Presentation] RIKEN Symposium: CAGE as a tool for cancer research and biomarker discovery2016
Author(s)
Kaczkowski Bogumil, Tanaka Yuji, Kawaji Hideya, Andersson Robin, Albin Sandelin, Itoh Masayoshi, Lassmann Timo, the FANTOM5 consortium, Hayashizaki Yoshihide, Carninci Piero, Forrest Alistair Raymond Russel.
Organizer
RIKEN Symposium : Cancer research by CAGE method
Place of Presentation
Riken Yokohama Koryuto-hall, Yokohama, Japan
Year and Date
2016-09-13
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[Presentation] Novel approach to predict lymph node metastatic state of uterine endometrial cancer, toward reduction of lymphedema by detection of irrelevant lymphadenectomy2016
Author(s)
Emiko Yoshida, Yasuhisa Terao, Noriko Hayashi, Yosuke Ito, Kazunari Fujino, Takafumi Ujihira, Soshi Kusunoki, Miki Kimura, Hiroshi Kaneda, Tsuyoshi Ota, Daiki Ogishima, Kiyoko Kato, Yuji Tanaka, Masayoshi Ito, Hideya Kawaji, Atsuo Itakura, Satoru Takeda
Organizer
第58回 日本婦人科腫瘍学会学術講演会
Place of Presentation
米子
Year and Date
2016-07-08 – 2016-07-10
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[Presentation] CLST Educational Program: Cap Analysis of Gene Expression (CAGE) and cancer biology2016
Author(s)
Kaczkowski Bogumil, Tanaka Yuji, Kawaji Hideya, Andersson Robin, Albin Sandelin, Itoh Masayoshi, Lassmann Timo, the FANTOM5 consortium, Hayashizaki Yoshihide, Carninci Piero, Forrest Alistair Raymond Russel
Organizer
CLST Educational Program
Place of Presentation
RIKEN Kobe MI R&D Center , KOBE, Japan
Year and Date
2016-07-05
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[Presentation] Transcriptome analysis of recurrently deregulated genes across multiple cancers identifies new pan-cancer biomarkers., American Association for Cancer Research2016
Author(s)
Kaczkowski Bogumil, Tanaka Yuji, Kawaji Hideya, Andersson Robin, Albin Sandelin, Itoh Masayoshi, Lassmann Timo, the FANTOM5 consortium, Hayashizaki Yoshihide, Carninci Piero, Forrest Alistair Raymond Russel
Organizer
Annual Meeting 2016,
Place of Presentation
Ernest N. Morial Convention Center, New Orleans, United States
Year and Date
2016-04-16
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