DNA全組込と間質細胞の次世代統合解析によるEBV関連胃発癌機構の解明とその制御

2016 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 16K15435
• Research Institution: St. Marianna University School of Medicine
• Principal Investigator: 山本 博幸 聖マリアンナ医科大学, 医学部, 准教授 (40332910)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 安田 宏 聖マリアンナ医科大学, 医学部, 教授 (80262129) ; 伊東 文生 聖マリアンナ医科大学, 医学部, 教授 (90223180)
• Project Period (FY): 2016-04-01 – 2018-03-31
• Keywords: EBV / DNA組み込み / DNAメチル化 / 胃癌 / 間質細胞

Outline of Annual Research Achievements

リンパ球浸潤に富む間質を伴うEBウイルス（EBV）関連胃癌は、H. pylori菌皆除菌時代において重要である。ウイルスDNAのヒトゲノムへの組み込みは発癌に寄与する。その分子機構の解明は学術的重要性が高いが、網羅的解析法が無く研究が進んでいない。
胃癌を対象に、EBV DNAのヒトゲノムへの全組み込みおよびメチル化同時解析に挑戦し、オミクス解析の結果とともに発癌機構を解明する。また、EBVの組み込みに関連して、間質細胞の異常を腫瘍免疫および癌細胞ニッチの観点から明らかにすることを目的とした。
癌細胞株を対象とし、全ゲノムレベルでのDNA組み込み解析法の至適化に成功した。組み込み解析後にメチル化解析をすることもできた。さらにDNA組み込み・メチル化同時解析を行うべく、DNAのbisulfite処理法、baitsの設計、DNAキャプチャー法の至適化に成功した。また、MBD-captureシークエンス法、MCAシークエンス法による網羅的エピゲノム解析をすることができた。
EBV関連胃癌の遺伝子異常の次世代統合オミクス解析においては、遺伝子変異（MassARRAYシステム等）、DNAコピー数変化、DNAメチル化（MCA microarray等）、エピゲノム異常（MCAシークエンス法等）、マイクロRNA異常（New-generation sequencing等）に関して、系統的に基礎データを得ることができた。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

胃癌を対象に、EBV DNAのヒトゲノムへの全組み込みとメチル化の解析を個別に行うことには成功したが、全組み込みおよびメチル化同時解析に関しては、まだ予備実験の段階である。
一方、EBV関連胃癌の遺伝子異常の次世代統合オミクス解析では、それぞれのオミクス解析において網羅的解析および個々のPCR解析は順調に進展した。しかしながら、前述の理由のため、オミクス解析の結果とEBV DNA全組み込みおよびメチル化との関連を解析することはできなかった。

Strategy for Future Research Activity

次世代シークエンサーによるEBV DNA全組み込みおよびメチル化の同時解析法の確立を目指し、研究を推し進めていく。
また、HPV関連胃道癌の遺伝子異常の次世代統合オミクス解析をさらに進め、前記の研究項目との連携を強化し、研究全体の遂行、目標の達成に邁進する。

Causes of Carryover

28年度は、所有している試薬消耗品を使用して研究を開始し、有望な研究成果を得る事ができ、その後も研究は順調に進展した。加えて、28年度の研究成果に伴い、29年度の試薬消耗品にかかる費用が当初予算を上回ることが予想されたため、29年度使用額が生じた。

Expenditure Plan for Carryover Budget

29年度は、研究項目が多岐にわたるため、繰り越し分を含め、試薬消耗品購入に使用する。