2017 Fiscal Year Research-status Report
DNA全組込と間質細胞の次世代統合解析によるEBV関連胃発癌機構の解明とその制御
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16K15435
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| Research Institution | St. Marianna University School of Medicine |
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Principal Investigator |
山本 博幸 聖マリアンナ医科大学, 医学部, 准教授 (40332910)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
安田 宏 聖マリアンナ医科大学, 医学部, 教授 (80262129)
伊東 文生 聖マリアンナ医科大学, 医学部, 教授 (90223180)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | EBV / DNA組み込み / DNAメチル化 / 胃癌 / 間質細胞 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
リンパ球浸潤に富む間質を伴うEBウイルス（EBV）関連胃癌は、H. pylori菌皆除菌時代において重要である。ウイルスDNAのヒトゲノムへの組み込みは発癌に寄与する。その分子機構の解明は学術的重要性が高いが、網羅的解析法が無く研究が進んでいない。
胃癌を対象に、EBV DNAのヒトゲノムへの全組み込みおよびメチル化同時解析に挑戦し、オミクス解析の結果とともに発癌機構を解明する。また、EBVの組み込みに関連して、間質細胞の異常を腫瘍免疫および癌細胞ニッチの観点から明らかにすることを目的とした。
癌細胞株を対象とし、全ゲノムレベルでのDNA組み込み解析法の至適化に成功した後、対象を拡げ解析することができた。組み込み解析後のメチル化解析に関して、パイロシーケンス法を改良し、より広いゲノム領域のメチル化を解析することもできた。さらにロングリードのDNA組み込み・メチル化同時解析を行うべく、DNAのbisulfite処理法、baitsの設計、DNAキャプチャー法の至適化に成功した後、対象を拡げ解析することができた。生データのフィルタリング後のまた、MBD-captureシークエンス法、MCAシークエンス法による網羅的エピゲノム解析をすることができた。
EBV関連胃癌の遺伝子異常の次世代統合オミクス解析においては、遺伝子変異（MassARRAYシステム等）、DNAコピー数変化、DNAメチル化（MCA microarray等）、エピゲノム異常（MCAシークエンス法等）、マイクロRNA異常（New-generation sequencing等）に関して、系統的に基礎データを得たのち、対象を拡げ解析することができた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
胃癌を対象に、EBV DNAのヒトゲノムへの全組み込みとメチル化の解析を個別に行うことに成功し、対象を拡げ解析することができたが、全組み込みおよびメチル化同時解析に関しては、まだ検証の段階である。
一方、EBV関連胃癌の遺伝子異常の次世代統合オミクス解析では、それぞれのオミクス解析において網羅的解析および個々のPCR解析は順調に進展し、さらに対象を拡げ解析することができた。しかしながら、オミクス解析の結果とEBV DNA全組み込みおよびメチル化との関連を解析するまでには至らなかった。
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| Strategy for Future Research Activity |
1分子ロングリード次世代シークエンサーによるEBV DNA全組み込みおよびメチル化の同時解析法の確立を目指し、研究を推し進めていく。
また、H. pylori感染との関連を含め、EBV関連胃癌の遺伝子異常の次世代統合オミクス解析をさらに進め、前記の研究項目との連携を強化し、研究全体の遂行、目標の達成に邁進する。
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| Causes of Carryover |
29年度は、すでに所有している試薬消耗品に加えて必要な分のみを購入して研究を行い、研究項目によっては、有望な研究成果を得る事ができたが、研究全体の達成度は十分でなかったため、研究期間の延長申請を行った。したがって、29年度の研究進捗状態に伴い、30年度の試薬消耗品にかかるさまざまな費用が予想されたため、30年度使用額が生じた。
30年度の使用計画として、研究項目が多岐にわたるため、目標の達成に向け、試薬消耗品購入に使用する。
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