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2017 Fiscal Year Annual Research Report

Developing Nonlinear Feature Selection Algorithm for Ultra High-Dimensional Data

Research Project

Project/Area Number 16K16114
Research InstitutionInstitute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

山田 誠  国立研究開発法人理化学研究所, 革新知能統合研究センター, ユニットリーダー (00581323)

Project Period (FY) 2016-04-01 – 2018-03-31
Keywords特徴選択
Outline of Annual Research Achievements

今期に予定していた提案手法をグラフデータに適用する研究に関しては, 前年度までに多くの部分の実験を終了できていたため, 今期は提案法を適用できる新しい問題を探した.さらに, 機械学習分野外の研究者が開発したプログラムを利用できるように, 提案法(HSIC Lasso)をPythonでコーディングした. 実問題を探すことに関しては, 国内外で多くの講演を実施し, 手法の良さを広めることで共同研究者を募集した. その結果, 東北メディカルバンクとの共同研究に発展した. プログラムの開発は, 無事に開発が完了し, Githubにてソースコードを公開することに加え, 利用者が容易にプログラムをインストールできるようにした. さらに, 非線形特徴選択手法の研究を進めているうちに, HSIC Lassoとは全く異なるアルゴリズムの着想を得ることができ, その結果, 局所線型性を用いた非線形特徴選択手法Localized Lassoを開発できた. Localized Lassoを薬の毒性予測に適用したところ, 従来法よりも高い予測性能を得ることができた.

また, 論文投稿に関しては, データマイニングの難関ジャーナルであるIEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering (TKDE)に投稿中であった論文に実験を追加し再投稿したところ無事採録された. 大規模非線形特徴選択アルゴリズム開発で重要な技術であるスパースモデリングを利用した研究成果を, 難関国際会議であるKDD及びAISTATSにて報告した.

  • Research Products

    (10 results)

All 2018 2017 Other

All Int'l Joint Research (6 results) Journal Article (1 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results) Presentation (2 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Aalto University(フィンランド)

    • Country Name
      FINLAND
    • Counterpart Institution
      Aalto University
  • [Int'l Joint Research] University Colledge London(英国)

    • Country Name
      UNITED KINGDOM
    • Counterpart Institution
      University Colledge London
  • [Int'l Joint Research] Indiana University/Huawei Research America/Michigan State University(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      Indiana University/Huawei Research America/Michigan State University
    • # of Other Institutions
      1
  • [Int'l Joint Research] Simon Frasor University/University of British Columbia(カナダ)

    • Country Name
      CANADA
    • Counterpart Institution
      Simon Frasor University/University of British Columbia
  • [Int'l Joint Research] JD.com(中国)

    • Country Name
      CHINA
    • Counterpart Institution
      JD.com
  • [Int'l Joint Research]

    • # of Other Countries
      5
  • [Journal Article] Ultra High-Dimensional Nonlinear Feature Selection for Big Biological Data2018

    • Author(s)
      Yamada Makoto、Tang Jiliang、Lugo-Martinez Jose、Hodzic Ermin、Shrestha Raunak、Ouyang Hua、Radivojac Predrag、Sahinalp Cenk、Menczer Filippo、Chang Yi、Saha Avishek、Mamitsuka Hiroshi、Yin Dawei
    • Journal Title

      IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering

      Volume: n/a Pages: 1~1

    • DOI

      10.1109/TKDE.2018.2789451

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Localized Lasso for High-Dimensional Regression2017

    • Author(s)
      Yamada Makoto、Takeuchi Koh、Iwata Tomoharu、Taylor John-Shawe、Kaski Samuel
    • Organizer
      AISTATS 2017
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Convex Factorization Machine for Toxicogenomics Prediction2017

    • Author(s)
      Yamada Makoto、Lian Wenzhao、Goyal Amit、Chen Jianhui、Wimalawarne Kishan、Khan Suleiman A.、Kaski Samuel、Mamitsuka Hiroshi、Chang Yi
    • Organizer
      Proceedings of the 23rd ACM SIGKDD International Conference on Knowledge Discovery and Data Mining
    • Int'l Joint Research
  • [Remarks] pyHSICLasso

    • URL

      https://github.com/riken-aip/pyHSICLasso

URL: 

Published: 2018-12-17   Modified: 2022-06-16  

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