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2017 Fiscal Year Research-status Report

シグナル伝達系の情報熱力学

Research Project

Project/Area Number 16K17780
Research InstitutionHokkaido University

Principal Investigator

伊藤 創祐  北海道大学, 電子科学研究所, 助教 (00771221)

Project Period (FY) 2016-04-01 – 2019-03-31
Keywords情報幾何 / 酵素反応 / 熱力学 / 情報熱力学 / 不確定性関係 / シグナル伝達
Outline of Annual Research Achievements

今年度は, 主に本研究課題の研究の方向性を押し広げる研究を行うことができたと考えている。特に大きな成果として, Master方程式で記述される確率的な生化学反応を情報幾何上の運動とみなし, 情報幾何における幾何学的な量と熱力学量と関係づけるという成果を出すことができた。本研究によって、確率過程で記述されるような生体シグナル伝達系や酵素反応系などにおいて, 情報幾何における幾何学的な量を熱力学的なコストとして解釈できることを明らかにできた。またその結果として、幾何学的な不等式から熱力学的不確定性関係を導出し、化学反応によって状態変化する際に速度と熱コストがトレードオフ関係にあることが示すことができた。この結果により、生化学シグナル伝達における情報伝達と熱力学的なトレードオフを, 情報幾何的な幾何学上の関係としてみなすことができるようになった。

この研究自体は, 生化学系の情報伝達と情報熱力学の関係を明らかにするという本研究課題のテーマにおいて、非常に重要な位置付けを占める内容である。この研究自体は研究計画の段階では想像していなかった成果あるが、本研究課題において達成できた特筆すべき成果だと考えている。
この熱力学と情報幾何の関係は今後も発展可能だと考えており, 昨年度まで進めていた体内時計などのシグナル伝達系の情報熱力学の研究により接近した内容への拡張が期待される。

また, 昨年度までに行っていた研究である情報熱力学とシグナル伝達系や体内時計の研究も引き続き行っている。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本年度は主に、酵素反応系に適用可能な情報幾何と熱力学の関係について精力的に研究を行った。この結果自体は、本研究テーマに関連性の高い結果であるため, 研究課題に関する進展は十分にあると考えている。
一方で当初計画していた研究テーマに関しては、なかなか思い通りに研究を進められる環境が現環境では整っておらず、昨年度に期待していたほどの結果が挙げられていない。
よって、研究そのものは順調に進んでいるものの、当初考えていた研究の方向性からは逸脱をしつつある。

Strategy for Future Research Activity

本研究課題の元々の計画に沿ったテーマに関する研究は、現在遅延気味である。よって, 来年度はある程度方向修正を施した上で、すでに得られている結果を出版まで持っていきたいと考えている。
また今年度得られた結果である情報幾何と熱力学の関係は非常に発展性のあるテーマであり、本研究課題にとっても重要性が高いと考えているため、引き続き発展させる形で本研究課題に寄与させていきたい。

  • Research Products

    (17 results)

All 2018 2017 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (13 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 8 results)

  • [Int'l Joint Research] AMOLF(オランダ)

    • Country Name
      NETHERLANDS
    • Counterpart Institution
      AMOLF
  • [Journal Article] Stochastic thermodynamic interpretation of information geometry2017

    • Author(s)
      Sosuke Ito
    • Journal Title

      arXiv (preprint)

      Volume: 1712 Pages: 04311

  • [Journal Article] < 講義ノート> ネットワーク上の情報熱力学とその生体情報処理への応用 (第 62 回物性若手夏の学校 集中ゼミ)2017

    • Author(s)
      伊藤 創祐
    • Journal Title

      物性研究

      Volume: 6. 4 Pages: [1]

  • [Journal Article] 最近の研究から ネットワーク上の情報熱力学とその生体情報処理への応用2017

    • Author(s)
      伊藤創祐. 沙川貴大
    • Journal Title

      日本物理学会誌

      Volume: 72(9), Pages: 658-662

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Stochastic thermodynamics of information2018

    • Author(s)
      Sosuke Ito
    • Organizer
      Frontiers of complex systems science: soft matter, biophysics, and statistical physics
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Stochastic Thermodynamic Interpretation of Information Geometry2018

    • Author(s)
      伊藤創祐
    • Organizer
      若手研究会「統計物理学とその周辺」
    • Invited
  • [Presentation] 情報熱力学の進展:細胞内ネットワーク及び情報幾何への拡張2018

    • Author(s)
      伊藤創祐
    • Organizer
      東北大学数理科学連携研究センター・ワークショップ 細胞内ネットワークのダイナミクス~生物学と数理科学の協働~
    • Invited
  • [Presentation] 情報理論と熱力学2018

    • Author(s)
      伊藤 創祐
    • Organizer
      北海道大学電子科学研究所 平成29年度 研究交流会
  • [Presentation] Thermodynamics of information on biochemical signaling networks2017

    • Author(s)
      Sosuke Ito
    • Organizer
      Deciphering complex energy landscape and kinetic network from single molecules to cells: a new challenge to make theories meet experiments
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 生化学系の情報熱力学2017

    • Author(s)
      伊藤創祐
    • Organizer
      第60回自動制御連合講演会
    • Invited
  • [Presentation] Langevin系における熱力学, 情報熱力学2017

    • Author(s)
      伊藤創祐
    • Organizer
      Perspectives of Nonlinear Phenomena in Random and Non-autonomous Dynamics
    • Invited
  • [Presentation] 生化学時計の情報熱力学2017

    • Author(s)
      伊藤創祐
    • Organizer
      研究会「理論と実験」2017
  • [Presentation] 生化学時計の情報熱力学2017

    • Author(s)
      Sosuke Ito and Pieter rein ten Wolde
    • Organizer
      日本物理学会2017年秋季大会
  • [Presentation] Information thermodynamic study of biochemical clock2017

    • Author(s)
      Sosuke Ito and Pieter rein ten Wolde
    • Organizer
      第55回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] 生体適応センサーの情報熱力学2017

    • Author(s)
      伊藤創祐
    • Organizer
      日本神経回路学会 時限研究会2017
    • Invited
  • [Presentation] ネットワーク上の情報熱力学と生体シグナル伝達への応用2017

    • Author(s)
      伊藤創祐
    • Organizer
      第62回物性若手夏の学校
    • Invited
  • [Presentation] Thermodynamics and information geometry2017

    • Author(s)
      Sosuke Ito
    • Organizer
      The 18th RIES-Hokudai International Symposium
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2018-12-17  

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