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2016 Fiscal Year Research-status Report

Creation and Characterization of functional heme-DNA

Research Project

Project/Area Number 16K17929
Research InstitutionUniversity of Tsukuba

Principal Investigator

柴田 友和  筑波大学, 数理物質系, 助教 (70739721)

Project Period (FY) 2016-04-01 – 2018-03-31
Keywords四重鎖DNA / G-カルテット / ヘム / ヘム核酸 / ペルオキシダーゼ活性
Outline of Annual Research Achievements

ヘムはヘムタンパク質の補欠分子族として含まれる分子であり,タンパク質部分の作り出す独特の環境にヘムが存在することにより,様々な機能を発現している.本研究ではこのタンパク質部分をDNAに置き換えることでヘムタンパク質のような機能を出現させること,およびその機能発現の分子的メカニズムや機能調節機構を明らかにすることを目指した.
DNA塩基配列d(TTAGGG)は四分子がG-カルテットを形成することで平行型四重鎖DNAが生じる.更に,3'末端のG-カルテットにヘムが結合することが明らかになっていたが,私共の研究により結合距離及びヘムの配位構造を明らかにした.NMRによる四重鎖DNAにヘムが結合前後での,環電流効果の解析により,ヘムは3'末端のG-カルテットに約3.5 nmの距離で結合することが明らかにした.更にヘムに水が配位していることが示され,この配位構造が後述のペルオキシダーゼ活性の発現に重要な役割を担っていることが示唆された.また,この四重鎖DNAとヘムの複合体はペルオキシダーゼ活性を示し,その活性の強さはヘム単体の約5倍であることが明らかになった.
また,ヘム周辺環境を変化させ,機能を制御することを目的として,ヘムの結合する3'末端に新たに塩基を追加した四重鎖DNAにおいても,ヘムとの相互作用についても解析した.予想通り,ヘムは追加した塩基と3'末端のG-カルテットの間に結合することを明らかにした.この解析結果により,ヘム四重鎖DNA複合体において,DNAの塩基を追加することによりヘム周辺環境を変えた成功した.

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

NMRによる構造解析により構造を詳細に解析することによって,予想通り,ヘムは追加した塩基と3'末端のG-カルテットの間に結合することを明らかにすることができた.そして,DNAの塩基を追加する塩基の種類を変えることによりヘム周辺環境を変えることに成功した.更に,四重鎖DNAとヘムの複合体の機能制御に重要と考えられているヘムの軸配位子として水が配位していることが明らかになった.このように予想通りの結果出ことから,おおむね順調に進展してると言える.

Strategy for Future Research Activity

ヘム四重鎖DNA複合体において,DNAの塩基を追加することによりヘム周辺環境を変えた成功したので,今後はヘム周辺環境の変化を様々な方法で解析すると共に,複合体の示すペルオキシダーゼ活性との関係についても明らかにしていく.ヘム周辺環境の評価方法としては,共鳴ラマン,酸塩基平衡定数の解析,分子動力学計算を用いる予定である.

Causes of Carryover

計画的に予算を使用に努めたが,当初の見積との実際の使用額との間に差異生じてしまったことと不測の事態が生じたときに対応できるようにしたため,既受領額累計の約5%である101,054円の次年度使用額が生じてしまった.

Expenditure Plan for Carryover Budget

これまでの実験計画では四分子からなる四重鎖DNAのみ取り扱うことにしていたが,より構造の安定な1分子で四重鎖DNAを組むDNAにおいても同様の研究を進めて行くために,次年度使用額を用います.

  • Research Products

    (12 results)

All 2017 2016

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (11 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results)

  • [Journal Article] Characterization of the interaction between heme and a parallel G-quadruplex DNA formed from d(TTGAGG)2016

    • Author(s)
      Tomokazu Shibata, Yusaku Nakayama, Yuya Katahira, Hulin Tai, Yuki Moritaka, Yusuke Nakano, Yasuhiko Yamamoto
    • Journal Title

      Biochimica et Biophysica Acta

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      http://doi.org/10.1016/j.bbagen.2016.11.005

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Structural Characterization of G-Quadruplex DNAs Formed from Human Telomere-Related Sequences and Their Complexes with Heme2017

    • Author(s)
      Y. Yamamoto, K. Ochi, T. Shibata, H. Hemmi, M. Hagihara
    • Organizer
      58th Experimental Nuclear Magnetic Resonance Conference
    • Place of Presentation
      California, USA・Asilomar Conference Grounds, Pacific Grove
    • Year and Date
      2017-03-26 – 2017-03-31
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] DNA塩基配列がヘム-DNA複合体の構造と機能に与える影響2017

    • Author(s)
      片平祐弥,柴田友和, 松井亨, 守橋健二, 渡部明莉, 中尾知美, 柳澤幸子, 小倉尚志, 山本泰彦
    • Organizer
      日本化学会 第97春季年会
    • Place of Presentation
      横浜市・慶応義塾大学日吉キャンパス
    • Year and Date
      2017-03-16 – 2017-03-19
  • [Presentation] 種々のフッ素化ヘムと四重鎖DNA[d(TTAGGG)]4の複合 体の機能と構造2017

    • Author(s)
      篠宮僚介, 片平祐弥, 柴田友和, 小倉尚志, 柳澤幸 子, 中尾知美, 鈴木秋弘, 山本泰彦
    • Organizer
      日本化学会 第97春季年会
    • Place of Presentation
      横浜市・慶応義塾大学日吉キャンパス
    • Year and Date
      2017-03-16 – 2017-03-19
  • [Presentation] ヘムと四重鎖DNAの複合体の構造解析2017

    • Author(s)
      越智健太郎, 山本泰彦, 柴田友和, 萩原正規, 逸見光
    • Organizer
      日本化学会 第97春季年会
    • Place of Presentation
      横浜市・慶応義塾大学日吉キャンパス
    • Year and Date
      2017-03-16 – 2017-03-19
  • [Presentation] Characterization of Complexes between Hemes and Parallel G-Quadruplex DNAs2016

    • Author(s)
      Y. Yamamoto, T. Shibata, Y. Katahira, Y. Nakayama, H. Tai, T. Matsui, K. Morihashi, A. Watanabe, T. Nakao, S. Yanagisawa, T. Ogura, A. Suzuki, S. Neya
    • Organizer
      8th Asian Bioligical Inorganic Chemistry Conference(AsBIC 8)
    • Place of Presentation
      New Zealand・Owen G Glenn Building 12 Grafton Rd, The University of Auckland
    • Year and Date
      2016-12-04 – 2016-12-09
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ヘムと四重鎖DNAの複合体の構造解析2016

    • Author(s)
      越智健太郎, 柴田友和, 逸見光, 萩原正規, 山本泰彦
    • Organizer
      第55回NMR討論会
    • Place of Presentation
      広島県広島市・広島国際会議場
    • Year and Date
      2016-11-16 – 2016-11-18
  • [Presentation] Structural characterization of catalytic DNAs composed of heme and parallel G-quadruplexes2016

    • Author(s)
      Y. Katahira, T. Shibata, T. Matsui, K. Morihashi, A. Watanabe, T. Nakao, S. Yanagisawa, T. Ogura, and Y. Yamamoto
    • Organizer
      第43回国際核酸化学シンポジウム(ISNAC2016)
    • Place of Presentation
      熊本県熊本市・熊本大学工学部百周年記念館
    • Year and Date
      2016-09-27 – 2016-09-29
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Effects of DNA Sequence Alteration on Structure of a Complex between Heme and All-Parallel G-Quadruplex2016

    • Author(s)
      T. Shibata, Y. Nakano, Y. Moritaka, Y. Nakayama, Y. Katahira, H. Tai, and Y. Yamamoto
    • Organizer
      第43回国際核酸化学シンポジウム(ISNAC2016)
    • Place of Presentation
      熊本県熊本市・熊本大学工学部百周年記念館
    • Year and Date
      2016-09-27 – 2016-09-29
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ヘムと平行型四重鎖DNAの複合体の構造および機能の解析2016

    • Author(s)
      柴田友和,片平祐弥,山本 泰彦
    • Organizer
      第17回若手NMR研究会
    • Place of Presentation
      神奈川県箱根・箱根高原ホテル
    • Year and Date
      2016-09-10 – 2016-09-12
  • [Presentation] ヘムと四重鎖DNAの複合体の触媒機能測定と構造解析2016

    • Author(s)
      山本泰彦,片平祐弥,中山優作,柴田友和,渡部明莉,中尾知美,柳澤幸子,小倉尚志,鈴木秋弘,根矢三郎
    • Organizer
      第10回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      石川県金沢市・石川県立音楽堂
    • Year and Date
      2016-09-07 – 2016-09-09
  • [Presentation] Structural and Functional Characterization of Complexes between Heme and G-quadruplex DNAs formed from human telomere-related sequences2016

    • Author(s)
      T. Shibata, Y. Katahira, H. Hemmi, and Y. Yamamoto
    • Organizer
      The 27th International Conference on Magnetic Resonance in Biological Systems(ICMRBS2016)
    • Place of Presentation
      京都府京都市・京都国際会館
    • Year and Date
      2016-08-21 – 2016-08-26
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2018-12-17  

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