2018 Fiscal Year Annual Research Report
Platform of Promoter Design Technology for Synthetic Biology
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16K18297
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| Research Institution | Nagoya University |
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Principal Investigator |
兒島 孝明 名古屋大学, 生命農学研究科, 講師 (40509080)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | gSELEX-Seq / bioinformatics / transcription factor / Aspergillus oryzae / scCro-tag |
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| Outline of Annual Research Achievements |
1) A. oryzae次世代型育種法の構築
2017年度より実施していた糖代謝に関与する転写因子の一つ、AoXlnRの転写制御ネットワークの解析に関する研究成果(2018年研究実施状況報告書において報告済)の論文の作成、投稿を行い、BMC Genomicsに発表した。
また、コウジ酸代謝に関与するKojRについてAoXlnR同様、ゲノムDNAより作製したライブラリーから標的タンパク質に結合できるDNA領域を選択濃縮することのできる手法であるgSELEXを実施した。今後高速DNAシークエンサーを用いた結合配列の詳細な解析を行う。
また、一般にZn2Cys6型転写因子は細胞内で二量体を形成することが知られている。そこでgSELEXの手法のさらなる標準化のため、転写因子調製用のタグとしてGSTを導入することを試みた。A. oryzaeにおける菌核形成に関与するZn2Cys6型転写因子、AO090009000520(trsA)をGSTとの融合タンパク質として発現及び精製を行い、得られた精製GST-trsAが二量体を形成していることを確認した。さらに、この二量体化GST-trsAとA. oryzae ゲノムライブラリーを用いたgSELEXを3ラウンド実施し、現在、得られた選択DNAプールの高速DNAシークエンシングによる解析を行っている。
2) DNA結合タグscCroの応用
転写因子scCroをDNA結合タグとして用いてその評価と応用例を示した2018年度に得られた研究成果をBiosci. Biotechnol. Biochem.に発表した。さらに、このscCroと融合タンパク質として発現させたHRPの活性をBio-Layer Interferometry(BLI)法を用いてリアルタイムで解析する新規HRPアッセイ法を構築し、この研究成果をまとめた論文を現在投稿中である。
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[Journal Article] Spatial arrangement of proteins using scCro-tag: application for an in situ enzymatic microbead assay.2018
Author(s)
Kojima, T., Hata, J., Oka, H., Hayashi, K., Hitomi, K., and Nakano, H.
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Journal Title
Biosci. Biotechnol. Biochem.
Volume: 82
Pages: 1911-1921
DOI
Peer Reviewed
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