ホルマリン固定検体での遺伝子融合の検出及び薬剤感受性/耐性遺伝子発現診断系の開発

2016 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 16K18446
• Research Institution: National Cancer Center Japan
• Principal Investigator: 角南 久仁子 国立研究開発法人国立がん研究センター, 中央病院, 医員 (70766823)
• Project Period (FY): 2016-04-01 – 2018-03-31
• Keywords: 分子カウンティング / 融合遺伝子 / 個別化治療

Outline of Annual Research Achievements

がんの個別化治療には、治療標的または予後予測因子となる融合遺伝子やRNAスプライシング異常の迅速な診断、および治療感受性/耐性遺伝子の正確な発現定量が重要であるが、FFPE検体ではこれらをマルチプレックスに診断することは困難である。そこで、本研究では、複数の遺伝子融合及びRNAスプライシング異常の検出と、感受性及び耐性関連遺伝子の発現測定を同時にでき、肺がんを中心としたがん治療の治療選択の補助となるパネルを開発することを目的としている。
当該年度では、これまでに解析有用性が実証済みである肺がん融合遺伝子検出パネルに、EGFR-TKI耐性関連遺伝子（AXL,GAS6, MET, HGF, BIM, NOXA, PUMA, CD133)及び免疫チェックポイント阻害薬効果予測遺伝子(PD-1, PD-L1, PD-L2)を加えたパネルを作成し、このパネルを用いて検証を行った。
次に、耐性遺伝子の発現に関して、分子カウンティング法と従来法である定量PCR法の相関性の検証を行った。また、実際の診療では生検検体や気管支洗浄液といった液状検体が主に診断に用いられるため、そういった微量検体、24検体に対して分子カウンティング法による解析を行った。それにより、融合遺伝子の検出や耐性遺伝子の発現解析が微量検体に対しても有効であることを確認した。
並行して他がん腫（肉腫）の融合遺伝子に対するプローブの設計を試みたが、5'側、3'側それぞれで共通する融合遺伝子が多く、肺がん融合遺伝子と同様の方法では各variantの判別ができないことが判明したため、設計に難渋している。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

肺がん以外に対する融合遺伝子のプローブ設計に難渋したため、平成29年度に検証予定であった微量検体に対する解析を平成28年度に行った。

Strategy for Future Research Activity

引き続き、肺がんの遺伝子融合及びRNAスプライシング異常の検出と、感受性及び耐性関連遺伝子の発現測定を同時にできるパネルの実用化を目指し、平成28年度に得られた発現値と、実際の臨床情報との相関性の確認を行う。

Causes of Carryover

年度末近くに分子カウンティングのための試薬を購入しようとしたが、規格の変更があり購入ができなかったため、当該年度の物品費が未使用となった。

Expenditure Plan for Carryover Budget

今年度に該当の試薬を購入し、研究を継続する予定。