Developing multiplex testing for detecting oncogenic fusion of formalin-fixed paraffin embedded tissue samples by using molecular counting system

2018 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 16K18446
• Research Institution: National Cancer Center Japan
• Principal Investigator: 角南 久仁子 国立研究開発法人国立がん研究センター, 中央病院, 医員 (70766823)
• Project Period (FY): 2016-04-01 – 2019-03-31
• Keywords: 分子診断 / 肺がん

Outline of Annual Research Achievements

分子カウンティング法を用いて、肺がん融合遺伝子（対象遺伝子：ALK・RET・ROS1・NRG1, BRAF融合遺伝子およびMET exon14 skipping）にEGFR-TKI耐性関連遺伝子 (AXL, GAS6, MET, HGF, BIM, NOXA, PUMA, CD133) および免疫チェックポイント関連遺伝子 (PD-1, PD-L1, PD-L2)　を加えた新規の遺伝子パネルを作成した。
解析対象は肺腺がん検体95例（凍結検体22例、ホルマリン固定パラフィン包埋 (FFPE) 検体73例）で、凍結検体22例については、AXL, GAS6, MET, HGF, BIM, NOXA, PUMA, CD133, PD-1, PD-L1, PD-L2に対してリアルタイムPCR法を用いた遺伝子発現測定に実施し、両者に高い相関関係があることを示した（中央値: 0.90, 範囲: 0.65-0.96）。ゲフィチニブ奏効期間情報を有する120例 (凍結検体80例、FFPE検体40例) について、これらの遺伝子発現量とゲフィチニブ奏効期間の検証を実施し、PUMA (HR: 0.55, 95%CI. 0.31-0.94, P=0.028), CD133 (HR: 0.56, 95%CI. 0.33-0.99, P=0.045) でゲフィチニブ長期奏効症例とそれ以外の症例で有意差があることを示した。また、肺がんの融合遺伝子検出については、RNAシークエンス等で、融合遺伝子陽性であることが判明している22例に対して、新規遺伝子パネルで検証を行い、先行研究で定義したカットオフ値 (バックグラウンドの平均値＋5SD) で判定が可能であることを確認した。その後、FFPE　73検体に対して、同様の検証を行い全例、正しく融合遺伝子が検出可能であることを示した。