2016 Fiscal Year Research-status Report
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16K18470
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| Research Institution | The Graduate University for Advanced Studies |
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Principal Investigator |
FAWCETT JEFFREY 総合研究大学院大学, 先導科学研究科, 日本学術振興会特別研究員(PD) (50727394)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | 集団ゲノム解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
ゲノム中の各領域、サイトがどういう役割を果たしており、表現型とどう結びついているのかという問いに対して、比較ゲノム解析や集団ゲノム解析を通して迫っていこうというのが本研究の大きな研究テーマである。昨年より私は日高育成牧場においてウマの生産、育成を行っている研究者と提携し、彼らの持つ育成馬数百頭のDNAサンプルを入手した。そしてIlluminaのSNP Chipを用いてこれらの個体のゲノム中に存在する約60万のSNPを同定した。現在、このデータをもとに集団ゲノム解析などを行い、また彼らの持つ各個体の筋肉や心肺機能など様々な表現型に関するデータと組み合わせることで、様々な表現型や遺伝病、疾病と関係のあるゲノム領域の探索を行っている。特に、ゲノムワイド関連解析を通して複数の候補領域を選定することがすでにできている。また、このデータに加え、約10年にわたる約10万頭の全交配記録、全血統情報を入手することができた。そこでこれらのデータをもとに、近親交配の度合いが交配や個体の生育にどう関係しているのか、そして近親交配がゲノムにどういう影響を及ぼすのか、遺伝病とどの程度関係があるのかについても検証を行っている。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
ウマの表現型に関して非常に優れた見識を持つ研究者と共同研究を開始することができ、独自のサンプルを使った解析を行うことができている。またすでに、様々な表現型と関連のある領域や人為選択を受けてきた領域の候補を複数同定できており、今後の発展が期待できる。
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| Strategy for Future Research Activity |
昨年より取り組んでいるウマの集団ゲノム解析をさらに進めていく。また、このウマを一つのモデルケースとし、遺伝病領域がどのような特徴を持つのか、特に近親交配がゲノムにどのような影響を与え、遺伝病とどう関連しているのかに関する体系的な理解を構築していきたい。
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| Causes of Carryover |
非常に少額であり、概ね想定どおりに経費を使用した。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
DNAのSNPの決定や、学会参加費用、論文投稿費用などに使用する
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