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2017 Fiscal Year Annual Research Report

The structural study of heterochromatin by cryo-EM

Research Project

Project/Area Number 16K18473
Research InstitutionWaseda University

Principal Investigator

町田 晋一  早稲田大学, 理工学術院, 次席研究員(研究院助教) (50732195)

Project Period (FY) 2016-04-01 – 2018-03-31
Keywordsクロマチン / エピジェネティクス / ヘテロクロマチン / ヌクレオソーム / ヒストン / HP1 / H3K9me3
Outline of Annual Research Achievements

本研究の目的は、染色体機能発現に重要なヘテロクロマチンの基盤構造を解明することである。真核生物のゲノムDNAはクロマチン構造を形成することで核内に高度に折りたたまれて収納されている。クロマチンはその折りたたみの程度を変化させることで、様々なDNAの機能発現を制御する。特に、高度に凝縮したクロマチン領域はヘテロクロマチンと呼ばれ、遺伝子発現や染色体機能発現に機能する。ヘテロクロマチンは、9番目のリジンがトリメチル化(H3K9me3)されたヒストンH3を含むクロマチンとHP1タンパク質との複合体を基盤して形成される。しかし、どのようにしてHP1がH3K9me3を含むクロマチンに結合し、ヘテロクロマチンが形作られていくのかは明らかになっていない。そこで、クロマチン(H3K9me3)とHP1との複合体を試験管内で再構成し、クライ電子顕微鏡解析により、その立体構造を明らかにした。明らかになった立体構造から、HP1はクロマチンの基本構成単位であるヌクレオソームをブリッジする形でクロマチンに結合していることが明らかになった。さらに、DNA結合活性を有するHP1はヌクレオソームを連結するリンカーDNAには結合していないことが明らかになった。本研究により、ヘテロクロマチンの基盤構造であるクロマチン(H3K9me3)とHP1との複合体の立体構造が明らかになった。その立体構造は、ヘテロクロマチンによる遺伝子発現制御や染色体機能制御のメカニズム解明に重要な知見となることが予想される。

  • Research Products

    (12 results)

All 2018 2017 Other

All Journal Article (8 results) (of which Peer Reviewed: 8 results,  Open Access: 5 results) Presentation (1 results) Remarks (3 results)

  • [Journal Article] Cryo-EM structure of the nucleosome containing the ALB1 enhancer DNA sequence.2018

    • Author(s)
      Takizawa Y, Tanaka H, Machida S, Koyama M, Maehara K, Ohkawa Y, Wade PA, Wolf M, Kurumizaka H.
    • Journal Title

      Open Biology

      Volume: 8 Pages: 170255

    • DOI

      10.1098/rsob.170255

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structural Basis of Heterochromatin Formation by Human HP12018

    • Author(s)
      Machida S, Takizawa Y, Ishimaru M, Sugita Y, Sekine S, Nakayama JI, Wolf M, Kurumizaka H.
    • Journal Title

      Molecular Cell

      Volume: 69 Pages: 385-397

    • DOI

      10.1016/j.molcel.2017.12.011

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] HP1との結合により形成される構成的なヘテロクロマチンの基盤となる構造2018

    • Author(s)
      町田晋一, 滝沢由政, Matthias Wolf, 胡桃坂仁志
    • Journal Title

      ライフサイエンス 新着論文レビュー

      Volume: . Pages: .

    • DOI

      10.7875/first.author.2018.014

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Phosphorylation of CBX2 controls its nucleosome-binding specificity.2017

    • Author(s)
      Kawaguchi T, Machida S, Kurumizaka H, Tagami H, Nakayama JI.
    • Journal Title

      The journal of Biochemistry

      Volume: 162 Pages: 343-355

    • DOI

      10.1093/jb/mvx040.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Histone H3 Methylated at Arginine 17 Is Essential for Reprogramming the Paternal Genome in Zygotes.2017

    • Author(s)
      Hatanaka Y, Tsusaka T, Shimizu N, Morita K, Suzuki T, Machida S, Satoh M, Honda A, Hirose M, Kamimura S, Ogonuki N, Nakamura T, Inoue K, Hosoi Y, Dohmae N, Nakano T, Kurumizaka H, Matsumoto K, Shinkai Y, Ogura A.
    • Journal Title

      Cell Reports

      Volume: 20 Pages: 2756-2765

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2017.08.088

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] SYCP3 regulates strand invasion activities of RAD51 and DMC1.2017

    • Author(s)
      Kobayashi W, Hosoya N, Machida S, Miyagawa K, Kurumizaka H.
    • Journal Title

      Genes to Cells

      Volume: 22 Pages: 799-809

    • DOI

      10.1111/gtc.12513

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Xeroderma pigmentosum group C protein interacts with histones: Regulation by acetylated states of histone H3.2017

    • Author(s)
      Kakumu, E., Nakanishi, S., Shiratori, H., Kato, A., Kobayashi, W., Machida, S., Yasuda, Takeshi, Adachi, N., Saito, N., Ikura, T., Kurumizaka, H., Kimura, H., Yokoi, M., Sakai, W., Sugasawa, K.
    • Journal Title

      Genes to Cells

      Volume: 22 Pages: 310-327

    • DOI

      10.1111/gtc.12479

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Influence of polynucleosome preparation methods on sedimentation velocity analysis of chromatin.2017

    • Author(s)
      Kujirai, T., Machida, S., Osakabe, A., Kurumizaka, H.
    • Journal Title

      The journal of Biochemistry

      Volume: 161 Pages: 381-388

    • DOI

      10.1093/jb/mvw081

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] ヘテロクロマチンの立体構造解析2017

    • Author(s)
      町田晋一、滝沢由政、石丸雅一、関根慧、中山潤一、Matthias Wolf、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第11回日本エピジェネティクス研究会年会
  • [Remarks] 早稲田大学ホームページ

    • URL

      https://www.waseda.jp/top/news/56537

  • [Remarks] 沖縄科学技術大学院大学ホームページ

    • URL

      https://www.oist.jp/ja/news-center/press-releases/32226

  • [Remarks] 基礎生物学研究所ホームページ

    • URL

      http://www.nibb.ac.jp/press/2018/01/11.html

URL: 

Published: 2018-12-17  

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