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2017 Fiscal Year Annual Research Report

Development of a new method for environmental DNA analysis for the evaluation of intraspecific genetic diversity of fish population

Research Project

Project/Area Number 16K18610
Research InstitutionRyukoku University

Principal Investigator

山中 裕樹  龍谷大学, 理工学部, 講師 (60455227)

Project Period (FY) 2016-04-01 – 2018-03-31
Keywords環境DNA / 種内多様性 / 広域調査 / 次世代シーケンサー
Outline of Annual Research Achievements

本研究は捕獲を伴わずに多数の個体由来のDNAを回収して魚類個体群の遺伝的多様性を網羅的に分析すべく、近年発展してきた環境DNA分析によってそれを可能にする技術の開発を目的として実施した。
一つ目の課題であった環境DNA分析によって野外環境水から対象個体群内のハプロタイプを網羅的に検出できる技術の確立には、分析に用いる次世代シーケンサーから出力される膨大なデータの中から効率的にPCRエラーやシーケンスエラーによる誤読を排除できる有効な実験ステップとデータクリーニングの方法が必要になる。これらについては水槽水試料を用いて平成28年度に実施した基礎研究でかなり進んだ。しかし、データクリーニング(denoising)の解析手法として新規に報告された方法論を本研究でも利用できることが判明し、29年度にはその検証を進めた。結果として、新たなdenoisingアルゴリズムであるDADA2は環境DNAに基づくハプロタイプ評価の場面でも適切なデータクリーニングが可能であることが明らかになった。
本研究ではアユ(Plecoglossus altivelis altivelis)を対象種としており、ハプロタイプ情報について既存の知見がある琵琶湖への流入河川から得た環境DNA試料の分析に用いて、本研究で確立した方法が野外試料に応用できるかを試した。まだ改善の余地は残されているものの、本研究で目指していた環境DNA分析によるハプロタイプ多様性の評価の実施が十分可能な手法が確立できた。
二つ目の課題である希少種への本分析手法の展開であるが、これは実地での応用まで進むことはできなかったが、カワバタモロコ(Hemigrammocypris rasborella)を対象として遺伝的多様性を評価するためのプライマーセットを完成させた。今後、野外試料をもちいた分析を試みたい。

  • Research Products

    (5 results)

All 2017 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Presentation (4 results)

  • [Int'l Joint Research] Texas Tech University(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      Texas Tech University
  • [Presentation] 環境DNA手法に基づくアユ個体群におけるミトコンドリアDNAハプロタイプ多様性の評価2017

    • Author(s)
      辻冴月, 宮正樹, 潮雅之, 佐藤行人, 源利文, 山中裕樹
    • Organizer
      第77回分析化学討論会
  • [Presentation] 環境DNA分析による日本産メダカ属2種の同時検出に向けたReal-time Multiplex PCR検出系の開発2017

    • Author(s)
      辻冴月, 入口友香, 寺村伊織, 北川忠生, 山中裕樹
    • Organizer
      日本生態学会近畿地区会2017年度第1回例会
  • [Presentation] 環境DNA分析を用いた複数種の同時検出:日本産メダカ属2種を対象としたReal-time Multiplex PCR検出系の開発と野外適用2017

    • Author(s)
      辻冴月, 入口友香, 寺村伊織, 芝田直樹, 北川忠生, 山中裕樹
    • Organizer
      2017年度日本魚類学会年会
  • [Presentation] 環境DNA分析を用いた遺伝的多様性検出:アユ野外個体群への適用と検出力の検討2017

    • Author(s)
      辻冴月, 宮正樹, 潮雅之, 佐藤博俊, 佐藤行人, 源利文, 山中裕樹
    • Organizer
      第65回日本生態学会

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Published: 2018-12-17   Modified: 2022-06-07  

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