Development of markers for resistance to anthracnose in new strawberry cultivar by RAD-Seq

2018 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 16K18638
• Research Institution: National Agriculture and Food Research Organization
• Principal Investigator: 遠藤 みのり (飛川みのり) 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 九州沖縄農業研究センター, 研究員 (90614652)
• Project Period (FY): 2016-04-01 – 2019-03-31
• Keywords: イチゴ / 炭疽病 / 病害抵抗性 / 次世代シーケンサー / RAD-Seq

Outline of Annual Research Achievements

2016～2017年度までに、2種の炭疽病菌に対する抵抗性遺伝子をそれぞれ有すると考えられる2つの8倍体イチゴF1集団（1：「さちのか」と「恋みのり」のF1集団、2：「Dover」と「恋みのり」のF1集団）について、炭疽病抵抗性に関する形質評価結果と、次世代シーケンサーによるRAD-Seq解析結果を得た。そこで、2018年度は両結果の連鎖解析を進めた。他機関から公開されたイチゴのゲノム情報を入手し、リファレンスゲノムとした解析を行った。その結果、F1集団の各個体のゲノム内にみられる一遺伝子多型は、8倍体イチゴが持つ4ゲノムのうち、1～4ゲノムに分布した。このような特徴はイチゴに代表される高次倍数体特有のものであり、解析を困難化させるものと推測された。そこで、解析を簡便化するため、まずは4ゲノムに共通する多型にのみ注目し、多型と形質との関連性を分析した。また、1～3ゲノムのみにみられる多型をも解析するツールの探索を行い、情報解析方法の改善を検討した。
また、F1集団のうち、集団2：「Dover」と「恋みのり」のF1集団について、既知の炭疽病抵抗性マーカーのマーカー型を個体別に判定した。その結果、2016年度に得た形質評価結果とマーカー型との整合性はやや低く、集団2に見られる炭疽病抵抗性が抵抗性遺伝子以外の要因に大きく影響されることが示唆された。イチゴF1集団の炭疽病抵抗性を左右する遺伝的要因としては、個体の栄養成長の程度・速さに関与する遺伝子等が想定される。