2018 Fiscal Year Annual Research Report
Investigation of transcriptome responses upon exposure to diverse environmental changes in Aspergillus fumigatus
| Project/Area Number |
16K18671
|
|---|
| Research Institution | Chiba University |
|---|
Principal Investigator |
高橋 弘喜 千葉大学, 真菌医学研究センター, 准教授 (60548460)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2019-03-31
|
| Keywords | 環境・細胞応答 / 転写ネットワーク / アスペルギルスフミガタス / トランスクリプトーム |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
微生物の環境ストレス応答を分子レベルで明らかにすることは、菌の生育を人為的に制御するための非常に有益な知見となる。本研究では、病原糸状菌アスペルギルスフミガタスの環境ストレス応答に関わる遺伝子の探索を次世代シーケンサーと情報解析を駆使して実現し、糸状菌の転写ネットワークを包括的に解明するとともに、糸状菌の遺伝子発現応答を体系化することを目的とした。平成30年度は、ストレス応答遺伝子の中から候補遺伝子を選抜し、その機能解析を進めた。解析手法の一つとして、ストレス付与時の菌糸成長の観察系を構築した。遺伝子欠損株を用いた機能解明を目指したが、既存の手法では、欠損株を取得するには至らなかった。一方で、これまでに整備した共発現情報と公共データとの統合解析を進めた。遺伝子発現量の算出法に関して、再度文献調査を進め、公共データベースSRAに登録されているRNA-seqデータの再解析を進め、発現解析の統合化を進めた。当初の目的であった、糸状菌の環境応答時の遺伝子発現の体系化は滞りなく実現できた。糸状菌の環境ストレス応答は、一過的なストレス応答と漸進的なストレス応答に大別できることが明らかとなった。さらに、広範なストレス条件下で発現応答する遺伝子として、266遺伝子を同定できた。RNAプロセシングに関与する遺伝子群が顕著に応答していることを明らかにできた。今後は、形態観察を含む詳細な機能解明によって、糸状菌の環境ストレス応答能の解明を目指したい。特に、遺伝子欠損手法の確立が必須であることが明らかとなり、今後の課題として検討を進める。
|
