Integration of transcriptomic information during ovarian maturation process in Penaeid shrimps

2017 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 16K18746
• Research Institution: Japan International Research Center for Agricultural Sciences
• Principal Investigator: 奥津 智之 国立研究開発法人国際農林水産業研究センター, 水産領域, 主任研究員 (40456322)
• Project Period (FY): 2016-04-01 – 2018-03-31
• Keywords: バナメイエビ / 卵巣成熟 / 分子マーカー / マイクロアレイ / クルマエビ科

Outline of Annual Research Achievements

バナメイエビに関する遺伝子情報がアップデートされたことから、本年度は改めてNCBIのデータベースからバナメイエビの72,348個のunigeneをダウンロードして、ORF finderによりタンパク質をコードした66,166遺伝子を抽出し、そのアミノ酸配列を明らかにした。Unigeneの最も長い遺伝子は、2,587アミノ酸残基であり、平均は100アミノ酸残基であった。上記66,166遺伝子のアミノ酸配列をpfamで解析して、11,272個の遺伝子に特徴的なタンパク質のモチーフがあることがわかった。上記情報に基づき、72,348個のunigeneのマイクロアレイプローブをeArrayで設計した。バナメイエビの成熟（体重40g程度以上かつ9ケ月齢以上の成体で成熟卵巣を持つ個体）、未成熟（体重40g程度以上かつ9ケ月齢以上の成体で未成熟卵巣を持つ個体）、亜成体（体重15g程度の約4ヶ月齢の個体）の卵巣からRNAを抽出してマイクロアレイ解析を行い、各群それぞれに特徴的に発現する遺伝子として、昨年同定されたものに加えて、Heme-binding protein、Apolipoprotein D-like等を選抜した。成熟および未成熟で特徴的に発現する遺伝子には既知の分子マーカーである卵黄タンパク質（Vg）遺伝子が含まれているため、上記遺伝子も分子マーカーとして利用できることが示唆された。また、クルマエビの卵巣RNAを用いて、マイクロアレイ解析を行った結果、成熟と未成熟で特徴的に発現する遺伝子として、Prefoldin subunit 5-like、Myosin heavy chain-likeを選抜した。本研究により開発されたマイクロアレイはクルマエビ科に属する種の卵巣成熟過程に関する有用な分子情報を得るために有用なツールとして利用できる。