2017 Fiscal Year Annual Research Report
Investigation of disease-causing variants of Long QT syndrome using whole exome sequencing
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16K19068
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| Research Institution | National Center for Geriatrics and Gerontology |
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Principal Investigator |
重水 大智 国立研究開発法人国立長寿医療研究センター, 臨床ゲノム解析推進部, 遺伝統計解析ユニット長 (70617464)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | 中間サイズインデル |
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| Outline of Annual Research Achievements |
突然死につながる可能性がある難治性遺伝性不整脈疾患のQT延長症候群は、約2割の発症者において未だ疾患原因が不明である。そこで本研究で申請者は、既知疾患原因遺伝子に変異が認められなかった発症者とその家族例を大規模に収集し、次世代シークエンサーを用いて全エクソームシークエンス家系解析を行い、新規疾患原因遺伝子の同定、発症機序の解明を目指した。申請者は、新規疾患原因変異の可能性として中間サイズインデルに着目し、その検出手法（IMSindel）の開発を行った。細胞株を用いた網羅的な検証実験を行うことで精度評価を実施した。また既存の解析手法（GATK, PINDEL, ScanIndel）との比較検証も実施した。その結果、本研究の開発手法がもっとも高精度に中間サイズインデルを同定できることが示された。実際の検体にこの手法を適応した結果、新たに検体あたり約６個の遺伝子機能に影響を与える可能性が高い中間サイズインデルが検出された。これは新たな疾患原因変異を同定できる新たな解析手法として今後の遺伝性疾患解析において期待されると考えられる。
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Research Products
(11 results)
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[Presentation] Development and assessment of a pathogenic mutations search method for subjects where exome has previously failed.2017
Author(s)
Miya, F., Shigemizu, D., Kanemura, Y., Saitoh, S., Okamoto, N., Kato, M., Yamasaki, M., Matsunaga, T., Mutai, H., and Kosaki, K.
Organizer
The Japan Society of Human Genetics
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[Presentation] An accurate intermediate-size indel detection tool for discovery of mutations associated with human disease.2017
Author(s)
Shigemizu, D., Miya, F., Akiyama, S., Okuda, S., Boroevich, KA., Fujimoto, A., Nakagawa, H., Ozaki, K., Niida, S., Kanemura, Y., Okamoto, N., Saitoh, S., Kato, M., Yamasaki, M., Matsunaga, T., Mutai, H., Kosaki, K., and Tsunoda, T.
Organizer
The Japan Society of Human Genetics
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[Presentation] Exome sequencing analyses for late-onset Alzheimer's disease in Japanese2017
Author(s)
Asanomi, Y., Shigemizu, D., Nagata, Y., Mitsumori, R., Mori, T., Niida, S., and Ozaki, K.
Organizer
The Japan Society of Human Genetics
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[Presentation] Genome wide association study for late-onset Alzheimer's Disease in a Japanese population.2017
Author(s)
Mitsumori, R., Asanomi, Y., Shigemizu, D., Nagata, Y., Mori, T., Akiyama, S., Niida, S., and Ozaki, K.
Organizer
The Japan Society of Human Genetics
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[Presentation] Development of an accurate intermediate-size indel detection tool for discovery of mutations associated with human disease.2017
Author(s)
Shigemizu, D., Miya, F., Akiyama, S., Okuda, S., Boroevich, KA., Fujimoto, A., Nakagawa, H., Ozaki, K., Niida, S., Kanemura, Y., Okamoto, N., Saitoh, S., Kato, M., Yamasaki, M., Matsunaga, T., Mutai, H., Kosaki, K., and Tsunoda, T.
Organizer
第6回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2017)
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[Presentation] IMSindel: An accurate intermediate-size indel detection tool incorporating de novo assembly and gapped global-local alignment into spit reads.2017
Author(s)
Shigemizu, D., Miya, F., Akiyama, S., Okuda, S., Boroevich, KA., Fujimoto, A., Nakagawa, H., and Tsunoda, T.
Organizer
The American Society of Human Genetics
Int'l Joint Research
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[Presentation] Identification of novel long QT syndrome-associated mutations by targeted sequencing analyses.2017
Author(s)
Watanabe, R., Ohno, S., Aiba, T., Ishikawa, Nakano, Y., Aizawa, Y., Hayashi, K., Murakoshi, N., Nakajima, T., Yagihara, N., Shigemizu, D., et al
Organizer
European Human Genetics Conference
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[Presentation] 既存のexome解析では疾患原因変異同定が困難な検体の原因変異探索手法の開発.2017
Author(s)
宮 冬樹, 重水 大智, 齋藤 伸治, 須藤 章, 中川 英刀, 奥田 修二郎, 岡本 伸彦, 加藤 光広, 山崎 麻美, Keith A. Boroevich, 金村 米博, 小崎 健次郎, 角田達彦
Organizer
NGS現場の会第５回研究会
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