2017 Fiscal Year Annual Research Report
Identification of new beta-catenin target genes using genome-wide analyses of chromatin structure
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16K19075
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
林 玲匡 東京大学, 医学部附属病院, 助教 (40735396)
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2016-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | 肝細胞癌 / エピゲノム / FAIRE / CTNNB1 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
肝炎ウイルス感染者が減少傾向にある一方で、日本における肝細胞癌の死亡率、死亡者数は高い水準のままである。本研究では、肝細胞癌の発生・進展過程で蓄積するエピゲノム変化に注目し、新たな治療標的候補遺伝子を同定することをその目的とした。具体的には、エピゲノム変化の一つとして、クロマチン構造の変化に注目し、肝細胞癌の手術検体から採取した凍結組織検体を用いて、in vivo FAIRE-seq (Formaldehyde-Assisted Isolation of Regulatory Elements followed by next generation sequencing) を行った。そして、肝細胞癌の癌・非癌部に特異的なヌクレオソーム・フリー領域を網羅的に同定した。特に、肝細胞癌の主要なドライバー遺伝子であるCTNNB1変異症例に注目し，CTNNB1変異に特異的なヌクレオソーム・フリー領域を抽出すると共に、CTNNB1変異肝癌培養細胞（HepG2）のChIP-seq (Chromatin Immunoprecipitation followed by next generation sequencing) の結果も併せ、CTNNB1の標的遺伝子を同定した。さらに、in vivo FAIRE-seqに用いた凍結組織検体よりRNAを抽出し、網羅的遺伝子発現解析（RNA-sequencing）を行い、CTNNB1標的遺伝子のうち、特に発現変化の大きい遺伝子を抽出した。候補遺伝子の中で、近年その機能が解明されつつある遺伝子Xに注目し、肝細胞癌約250症例より作成した組織アレイを用いて、免疫組織化学的にCTNNB1変異症例で遺伝子Xが高発現していることを確認し、さらに臨床病理データを用いてその臨床病理学的特徴を解析した。
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[Journal Article] CPT2 downregulation adapts HCC to lipid-rich environment and promotes carcinogenesis via acylcarnitine accumulation in obesity2018
Author(s)
Fujiwara N, Nakagawa H, Enooku K, Kudo Y, Hayata Y, Nakatsuka T, Tanaka Y, Tateishi R, Hikiba Y, Misumi K, Tanaka M, Hayashi A, Shibahara J, Fukayama M, Arita J, Hasegawa K, Hirschfield H, Hoshida Y, Hirata Y, Otsuka M, Tateishi K, Koike K.
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Journal Title
GUT
Volume: Feb 6.
Pages: 印刷中
DOI
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