Establishment of a comprehensive diagnostic method using next generation sequencer for Alport syndrome

2017 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 16K19642
• Research Institution: Kobe University
• Principal Investigator: 山村 智彦 神戸大学, 医学部附属病院, 助教 (30770242)
• Project Period (FY): 2016-04-01 – 2018-03-31
• Keywords: Alport症候群 / 網羅的遺伝子解析 / 次世代シークエンサー / 体細胞モザイク

Outline of Annual Research Achievements

1．Alport症候群の網羅的診断体制の確立：我々は次世代シークエンサー（NGS）を用いたtargeted sequencingにより既知のポドサイト関連45遺伝子を網羅的に解析できる診断体制の確立を行った。研究期間中にAlport症候群(AS)が疑われた185家系に対して解析を施行し、結果として147家系（79%）がASの診断に至り、現在も毎月10症例程度の解析依頼を受けている。また、解析症例数が増加することで、臨床像と遺伝子型の相関関係の詳細な検討が可能となり、X染色体連鎖型ASの女性患者において大規模な解析を行い報告を行った（Kidney Int Rep. 2017）。
2．他の遺伝性腎疾患の診断：今回、AS疑いとして遺伝子解析を行った中で3家系がNGS解析によってAS以外の遺伝性腎疾患の診断に至った。これにより、AS疑い患者の中にはAS類似の臨床・病理所見を呈する他の遺伝性腎疾患の患者が存在することが判明し (Clin Exp Nephrol. 2018)、その診断にもNGS解析が有用であることが明らかとなった。
3．copy number variation(CNV)の解析：従来のNGS解析では同定できなかったcopy number variation(CNV)を原因遺伝子に認める症例についても、正常者と患者のNGS解析データを比較するペア解析を行うことにより、CNVの検出が可能であることを見いだし、報告を行った (Clin Exp Nephrol. 2018)。
4．体細胞モザイク症例の診断：AS発端者における体細胞モザイク症例は表現系が軽症であることや、変異遺伝子量が少ないことから従来法では診断が困難であったが、今回の我々の解析ではこのような体細胞モザイク症例を同定することが可能であり、報告を行った（Clin Exp Nephrol. 2017）。

Research Products

• [Journal Article] Detection of copy number variations by pair analysis using next-generation sequencing data in inherited kidney diseases (2018)
  • Author(s): China Nagano, Kandai Nozu,Naoya Morisada, Masahiko Yazawa, Daisuke Ichikawa, Keita Numasawa, Hiroyo Kourakata, Chieko Matsumura, Satoshi Tazoe, Ryojiro Tanaka, Tomohiko Yamamura, Shogo Minamikawa, Tomoko Horinouchi, Keita Nakanishi, Junya Fujimura, et. al.
  • Journal Title: Clinical and Experimental Nephrology Volume: 未定 Pages: 未定
  • DOI: 10.1007/s10157-018-1534-x
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Natural History and Genotype-Phenotype Correlation in Female X-Linked Alport Syndrome. (2017)
  • Author(s): Tomohiko Yamamura, Kandai Nozu, Xue Jun Fu, Yoshimi Nozu, Ming Juan Ye, Akemi Shono, Satoko Yamanouchi, Shogo Minamikawa, Naoya Morisada, Koichi Nakanishi, Yuko Shima, Norishige Yoshikawa, Takeshi Ninchoji, Ichiro Morioka, Hiroshi Kaito, Kazumoto Iijima
  • Journal Title: Kidney International Reports Volume: 2 Pages: 850-855
  • DOI: 10.1016/j.ekir.2017.04.011
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Female X-linked Alport syndrome with somatic mosaicism (2017)
  • Author(s): Kana Yokota, Kandai Nozu, Shogo Minamikawa, Tomohiko Yamamura, Keita Nakanishi, Hisashi Kaneda, Riku Hamada, Yoshimi Nozu, Akemi Shono, Takeshi Ninchoji, Naoya Morisada, Shingo Ishimori, Junya Fujimura, Tomoko Horinouchi, Hiroshi Kaito, Koichi Nakanishi, Ichiro Morioka, Mariko Taniguchi-Ikeda, Kazumoto Iijima
  • Journal Title: Clinical and Experimental Nephrology Volume: 21 Pages: 877-883
  • DOI: 10.1007/s10157-016-1352-y
  • Peer Reviewed
• [Presentation] 次世代シークエンサーを用いたAlport症候群の網羅的診断法の確立 (2018)
  • Author(s): 山村智彦
  • Organizer: 第121回日本小児科学会学術集会
• [Presentation] 次世代シークエンサーを用いたAlport症候群の網羅的診断法の確立 (2017)
  • Author(s): 山村智彦
  • Organizer: 第60回日本腎臓学会学術集会
• [Presentation] Establishment of a comprehensive diagnostic method using next generation sequencer for Alport syndrome (2017)
  • Author(s): 山村智彦
  • Organizer: 第52回日本小児腎臓病学会学術集会
• [Presentation] Establishment of a comprehensive diagnostic method using next generation sequencer for Alport syndrome (2017)
  • Author(s): 山村智彦
  • Organizer: 13th Asian Congress of Pediatric Nephrology
  • Int'l Joint Research