ビッグデータから放射線抵抗性遺伝子プロファイルを同定する

2017 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 16K19817
• Research Institution: Osaka University
• Principal Investigator: 玉利 慶介 大阪大学, 医学系研究科, 特任助教(常勤) (30718995)
• Project Period (FY): 2016-04-01 – 2019-03-31
• Keywords: 放射線治療

Outline of Annual Research Achievements

我々は現在国際的に進行中の癌ゲノム配列情報やマイクロアレイによる遺伝子発現量を統計学的に解析して癌の放射線抵抗性にかかわ りそうな遺伝子変異や遺伝子発現パターンを同定し、実際に細胞株を用いてその遺伝子変異や遺伝子発現を導入することで、放射線感 受性が変化するかについて確認したいと考えている。平成28年度~平成29年度の2年計画で、TCGA(http://cancergenome.nih.gov )やICGC(https://icgc.org)に公開されているデータの中から必要な情報(患者背景、治療、予後情報、遺伝子変異情報等)を抽出し、 遺伝子発現パターンと予後相関について、頭頸部癌や子宮頸癌、脳腫瘍など比較的放射線治療のウエイトが高い癌種で解析し、局所制 御率や全生存期間との相関を解析する予定である。初年度の平成28年度はまず研究遂行に適切なパーソナルコンピュータなどの環境 を整えることから始め、公共データベースから遺伝子情報を抽出する作業を確立した。特にRNA-seq、miRNA-seqからの遺伝子発現量を 解析することができるようになった。その結果、これまで我々が行なってきた癌細胞株から放射線耐性株を作成する実験でのマイクロ アレイの結果を比較検討した結果、いくつかの遺伝子の発現パターンが放射線耐性株と、臨床データベースから導き出された予後不良 となる遺伝子発現パターンと予後との相関結果と一致することが明らかとなった。今後は、注目遺伝子のノックダウンや過剰発現が放射線抵抗性に寄与するかを細胞実験で検証をする。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

データベースからのデータ抽出と予後との相関を解析できるようになったが、注目遺伝子の選別に苦慮している。

Strategy for Future Research Activity

今年度早期に注目遺伝子を決定し、その遺伝子の発現量と放射線抵抗性について解析を進めたい。

Causes of Carryover

10111円の次年度使用額が生じた。これは、今年度にデータベースからのデータ抽出と予後との相関を解析できるようになったが、注目遺伝子の選別に苦慮し、研究自体に若干の遅れが生じたため、消耗品を次年度に購入することが適切と判断した。