2017 Fiscal Year Research-status Report
次世代シークエンサーを利用したメロン生殖隔離緩和遺伝子piaの解析と育種利用
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16K21227
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| Research Institution | Saga University |
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Principal Investigator |
松本 雄一 佐賀大学, 農学部, 講師 (80538265)
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2016-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | メロン / 生殖隔離 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
生殖隔離緩和遺伝子piaの領域の特定に向け、RAD-seqをキュウリ属の野生種に適用し、系統間のSNPの検出と解析方法の検討を行った。
RAD-seqにより得られた配列のメロンリファレンスへのマッピングの結果、PI 320052については得られたリードのうち30.4%、PI 364475については27.9%がマッピングされた。キュウリリファレンスへのマッピングの結果、PI 320052については得られたリードのうち17.2%、PI 364475については17.0%がマッピングされた。SNP検出の結果についてはメロンリファレンスを用いた解析において1,258のSNPを、リファレンスを用いない解析では22,908のSNPを検出した。一方でリファレンスを用いない方法においては22,908のSNPを検出できた。これは今後の連鎖解析において十分な数であると考えられた。
そこで実際に、PI 320052とPI 364475間のF2分離集団39系統を用いた解析を行った。各系統のDNAを、single-digest RAD-seq法を用い解析を行った。制限酵素としてEcoRⅠを用いたライブラリーを作成し、Hi-seq2000でシーケンスを行った。RAD-seqから得られたデータをもとに連鎖地図を構築した。
その結果、23222個のSNPが検出された。これらをもとに、連鎖解析を行ったところ、684個のSNPマーカーが座乗した34連鎖群からなる全長6433.9 cMの連鎖地図が作成された。
pia遺伝子の座乗位置については、供試個体数が少ないこともあり明らかとなっていないが、今後個体数を増やすことで本方法により解明されることが期待できる結果となった。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
竜巻による気象災害により、試験植物及び施設に被害が生じたため。
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| Strategy for Future Research Activity |
平成30年度は、個体数を増やした解析を行っていく。
春作において80個体の表現型と遺伝子型を調査し、遺伝子領域を明らかにする。
並行して秋作において遺伝子の集積などの育種利用についても検討を行う。
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| Causes of Carryover |
竜巻による気象災害に伴い、植物及び施設の全壊被害を受け、研究に遅れが生じたことに伴うもの。
当初の計画内容に沿う形で植物栽培及び解析を行い、物品費、旅費、その他経費等での執行を行う。
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