2018 Fiscal Year Annual Research Report
Analysis melon reproductive barrier alleviation gene pia using a next generation sequencer
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16K21227
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| Research Institution | Saga University |
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Principal Investigator |
松本 雄一 佐賀大学, 農学部, 講師 (80538265)
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2016-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | メロン / 生殖隔離 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
C.anguriaはメロン遺伝資源としての利用が期待されているが、メロンとの種間交雑においては、花粉管の伸長停止などで雑種作出には至っていない。これまでに、C.anguria PI320052では高温下で受粉を行った際に花粉管伸長の阻害を緩和する遺伝子(pia)が報告されているが、本遺伝子は詳細な位置について明らかとなっていない。
近年RAD-seqによる非モデル生物におけるSNPマーカーの開発が報告されていることから、本研究ではC.anguriaの2系統間のF2分離集団を作出し、花粉管伸長とRAD-seqの結果をもとに連鎖解析を行いpiaに近傍なマーカーの特定を試みることとした。
両親およびF2分離集団99個体のDNAを、EcoRIとCovaris M220によって断片化させライブラリ調製を行ない、HiSeq2500を用いて50 bpシングルエンドの条件でシーケンスを行った。得られたリードはStacksを用いてSNPの検出を行った。
花粉管伸長結果をもとにF2分離集団69個体のpia遺伝子型の推定を行った。
RAD-seqでは467,632,885本のリードが得られ、Stacksを用いた解析により173,886個の遺伝子座が検出され、PI320052とPI364475間に23,929個のSNPが検出された。それらのうちF2分離集団99個体中70個体以上で検出できた1,548個のSNPをマーカーとして用い、pia遺伝子型推定の結果と合わせて解析を行ったところ、12連鎖群から成る1,473個のSNPが座乗する全長26,406cMの連鎖地図が構築された。piaは連鎖群Hのマーカー112296とマーカー13073の間にそれぞれ10.9cMと8.5cMの距離に位置した。しかしながら今回はリファレンスを用いない解析となったためか全長が長くなり、piaに密接に連鎖した地図とはならなかった。
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