2016 Fiscal Year Research-status Report
遺伝性・季節変動性を示す消化管の長さを規定するDNA変異及びメチル化領域の探索
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16K21352
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| Research Institution | Okayama University |
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Principal Investigator |
勝村 啓史 岡山大学, 自然科学研究科, 特別研究員(PD) (10649544)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | 遺伝的多型 / 表現型可塑性 / メダカ / DNAメチル化 / ゲノムワイド関連解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究計画では，メダカ消化管の長さの変化が遺伝的多型と表現型可塑性の2つによって生じた可能性を検証するため，長さを規定する原因アレルが存在するゲノム領域と，その可塑性を制御するエピジェネティックな変化を示すゲノム領域を明らかにする．本年度は，原因候補アレルを同定するために，F2個体を用いたQTL解析から，野生地域集団（40集団・計341個体）を用いたゲノムワイド関連解析（GWAS）に変更した．さらにメチル化DNA領域を特定するために，MBD-seqにより，季節変動を示す領域の同定を行った．
【遺伝的多型の同定】研究協力者と共に，新たなRAD-seqプロトコルを作成した．Amoresらが発表したRAD-seqのプロトコル(Amores et al., 2011)をベースに，コストを抑えたRAD-seqの実験系を新たに考案し立ち上げた．これまでに本方法を用いてGWASを実施したところ，第3番染色体に強い関連がみられるマーカを検出した．
【DNAメチル化変動領域の同定】計画当初では民間企業の受託サービスによりMBD-seqを実施することを第一の選択肢としたが，研究代表者がライブラリ作成，DNAメチル化領域の濃縮，次世代シークエンシングまで実施した．そのため，当初の計画より規模を拡大し．パイロット実験用の4個体と本実験用の16個体，計20個体のDNAを識別できるインデックスを付加したDNAライブラリを作製し，マルチプレックスでMBD-seqを実施した．パイロット実験ではMiseq 1ランに供し，本実験ではHiseq2500に3 lane供した．Miseqの結果より，第3番染色体に季節間でメチル化の程度が変化する領域があることがわかった．
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
1: Research has progressed more than it was originally planned.
Reason
当初計画よりも解析の規模，及び精度を上げて本研究を進められることとなったため．
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| Strategy for Future Research Activity |
計画通り，次世代シークエンサーを使って，候補領域を絞っていく．候補遺伝子が明らかになった場合，その機能解析及び進化解析を進める．
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| Causes of Carryover |
民間の解析受託サービスを利用せず，研究代表者自身で実験計画の一部を遂行したため．
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
本研究のデータ精度を上げるために，次世代シークエンサー解析に供する．
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Research Products
(10 results)
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[Journal Article] In vivo 3D analysis of systemic effects after local heavy-ion beam irradiation in an animal model.2016
Author(s)
Nagata K, Hashimoto C, Watanabe-Asaka T, Itoh K, Yasuda T, Ohta K, Oonishi H, Igarashi K, Suzuki M, Funayama T, Kobayashi Y, Nishimaki T, Katsumura T, Oota H, Ogawa M, Oga A, Ikemoto K, Itoh H, Kutsuna N, Oda S, Mitani H.
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Journal Title
Scientific reports
Volume: 6
Pages: 28691
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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