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2018 Fiscal Year Research-status Report

In vitro再構成されたゲノム自己複製システムのふるまいとその進化

Research Project

Project/Area Number 16KT0076
Research InstitutionRikkyo University

Principal Investigator

末次 正幸  立教大学, 理学部, 准教授 (00363341)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 高田 啓  立教大学, 理学部, ポストドクトラルフェロー (70747899) [Withdrawn]
Project Period (FY) 2016-07-19 – 2020-03-31
Keywords試験管内自己複製系 / 複製サイクル再構成系
Outline of Annual Research Achievements

複製の鋳型となるDNA分子(ミニ染色体)に自身の複製に必要な複製タンパク質群の情報を遺伝子のかたちでコードしておく。転写翻訳反応によってその情報を引き出せば、産生する複製装置によってDNA分子の新たなコピーが作られる。そのコピーはまた、転写翻訳によって次なる世代の複製装置を生み出すので、情報分子の継続的な自己複製のサイクルが繰り返されることとなる。
複製・転写・翻訳のそれぞれの反応系は、各反応ステップにおいて精製タンパク質をもちいた試験管内再構成系が構築されている。染色体複製システムとしては、20種をこえるペプチドを混ぜ合わせることによって、複製開始、終結、分離からなるミニ染色体の「複製サイクル」を何度も繰り返すような系も再構成できている。そこで、鋳型となるミニ染色体上に複製サイクル再構成系のタンパク質を遺伝情報の形でコードさせておき、その情報発現によって複製サイクルの進行を導くことができるような系の構築を進めた。遺伝情報発現においては転写翻訳反応再構成系であるPUREsystemを利用した。平成29年度までの検討の結果、ミニ染色体にコードされた複製開始遺伝子の転写翻訳に依存して、ミニ染色体自身の複製サイクルの開始を誘導できるような再構成系(ミニ染色体自己複製系)を構築し、このミニ染色体自己複製系を油中水滴エマルション内で反応させるための条件を決定した。平成30年度は、複製開始遺伝子だけでなく、「複製サイクル」に必要な20種以上の因子についてもPUREsystemから発現した遺伝子による複製反応の検討を行った。この検討により全構成因子を遺伝情報へと置換えるための条件が決まりつつある。
今後、これを基盤に、自己複製されるミニ染色体系を進化させるシステムの構築を進めていく予定である。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

染色体複製サイクル進行に必要な20種以上のタンパク質一つ一つについて、遺伝情報への置き換えが可能か検討し、遺伝情報に置き換えた遺伝子からの発現による複製サイクル進行を導くための条件を見出した。
以上から当初予定していた計画通りに実施することができた。

Strategy for Future Research Activity

個々の複製サイクル遺伝子についてPURE systemでの発現量を最適化し、全遺伝子を統合した反応系における複製サイクル進行を目指す。つまり、これまで複製サイクルの再構成に必要であった精製タンパク質を全く用いず、それらの遺伝情報のみから反応系が駆動できるようにする。また、その発現量最適化においては、進化工学を利用したアプローチを進める。

Causes of Carryover

進化工学実験を次年度に一部後ろ倒しにし、遺伝子の試験管内発現実験を優先して進めたため。

  • Research Products

    (25 results)

All 2019 2018 Other

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 2 results) Presentation (18 results) (of which Int'l Joint Research: 6 results,  Invited: 7 results) Remarks (1 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results)

  • [Journal Article] 染色体複製サイクルの自律的な繰り返しによるDNA増幅反応2019

    • Author(s)
      末次正幸
    • Journal Title

      化学と生物

      Volume: Vol.57, 1 Pages: 64~69

  • [Journal Article] Efficient Arrangement of the Replication Fork Trap for In Vitro Propagation of Monomeric Circular DNA in the Chromosome-Replication Cycle Reaction2018

    • Author(s)
      Hasebe Tomonori、Narita Kouhei、Hidaka Shiomi、Su’etsugu Masayuki
    • Journal Title

      Life

      Volume: 8 Pages: 43~43

    • DOI

      doi.org/10.3390/life8040043

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Bacterial EndoMS/NucS acts as a clamp-mediated mismatch endonuclease to prevent asymmetric accumulation of replication errors2018

    • Author(s)
      Takemoto Norihiko、Numata Itaru、Su’etsugu Masayuki、Miyoshi-Akiyama Tohru
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 46 Pages: 6152~6165

    • DOI

      doi.org/10.1093/nar/gky481

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Essentiality of WalRK for growth in Bacillus subtilis and its role during heat stress2018

    • Author(s)
      Takada Hiraku、Shiwa Yuh、Takino Yuta、Osaka Natsuki、Ueda Shuhei、Watanabe Satoru、Chibazakura Taku、Su’etsugu Masayuki、Utsumi Ryutaro、Yoshikawa Hirofumi
    • Journal Title

      Microbiology

      Volume: 164 Pages: 670~684

    • DOI

      10.1099/mic.0.000625

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 細胞を使わないゲノム合成技術2018

    • Author(s)
      末次正幸
    • Journal Title

      月刊バイオインダストリー

      Volume: 8月号 Pages: 22~30

  • [Presentation] In vitro repetition of chromosome-replication cycle and its applications2019

    • Author(s)
      Su'etsugu, M
    • Organizer
      7th Bioscience and Biotechnology International Symposium, Tokyo Institute of Technology
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] ゲノム合成の新技術2019

    • Author(s)
      末次 正幸
    • Organizer
      nano tech 2019
    • Invited
  • [Presentation] 染色体複製サイクルを再構成した高性能DNA増幅技術とその利用2019

    • Author(s)
      末次 正幸
    • Organizer
      野地ImPACTシンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] ゲノム合成時代のセルフリー技術2019

    • Author(s)
      末次 正幸
    • Organizer
      日本農芸化学会 2019大会シンポジウム「ゲノム合成の世界的なうねりと現状:日本の貢献」
    • Invited
  • [Presentation] Cell-free tool towards de novo genome synthesis2018

    • Author(s)
      Su'etsugu, M.
    • Organizer
      International Symposium on “Artificial Cell Reactor Science and Technology”
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Enzymatic construction of large circular DNA from over 50 overlapping fragments2018

    • Author(s)
      Kurata, T. and Su'etsugu, M.
    • Organizer
      International Symposium on “Artificial Cell Reactor Science and Technology”
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] In vitro amplification of circular DNA mediated by oriC transposon2018

    • Author(s)
      Nara, S. and Su'etsugu, M.
    • Organizer
      International Symposium on “Artificial Cell Reactor Science and Technology”
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 複製停止配列ter を介したフォークの衝突は続く増幅反応を阻害する2018

    • Author(s)
      長谷部 友憲、末次 正幸
    • Organizer
      第15回 21世紀大腸菌研究会
  • [Presentation] 放線菌で見つかった新規ミスマッチ修復タンパク質EndoMSのエンドヌクレアーゼ活性2018

    • Author(s)
      沼田 格、竹本 訓彦、秋山 徹、末次 正幸
    • Organizer
      第15回 21世紀大腸菌研究会
  • [Presentation] oriCトランスポゾン転移に依存した長大な異種環状DNA の試験管内増幅2018

    • Author(s)
      奈良 聖亜、篠原 赳、末次 正幸
    • Organizer
      第15回 21世紀大腸菌研究会
  • [Presentation] 50種類以上に及ぶDNA断片の試験管内同時集積2018

    • Author(s)
      倉田竜明、加納巧希、末次 正幸
    • Organizer
      第15回 21世紀大腸菌研究会
  • [Presentation] 染色体複製サイクル再構成系を用いたセルフリー環状DNA合成」2018

    • Author(s)
      末次正幸
    • Organizer
      第56回日本生物物理学会年会 シンポジウム「ゲノム合成時代の人工細胞研究」
    • Invited
  • [Presentation] 複製サイクル再構成系を利用した長鎖DNAへの塩基置換導入法2018

    • Author(s)
      俵木彩子、末次 正幸
    • Organizer
      「細胞を創る」研究会11.0
  • [Presentation] oriCトランスポゾンを利用した環状DNA の試験管内複製サイクル増幅2018

    • Author(s)
      奈良 聖亜、末次 正幸
    • Organizer
      「細胞を創る」研究会11.0
  • [Presentation] 無細胞長鎖DNA合成法RA-RCRによる50種以上のDNA断片の同時集積2018

    • Author(s)
      倉田竜明、末次 正幸
    • Organizer
      「細胞を創る」研究会11.0
  • [Presentation] Stable amplification of 200 kb circular DNA by reconstituted replication cycle of the Escherichia coli chromosome2018

    • Author(s)
      Shinohara, T. Su'etsugu, M.
    • Organizer
      3R-3C Symposium
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Large plasmid synthesis using cell-free chromosome replication technology2018

    • Author(s)
      Su'etsugu, M. and Kurata, T
    • Organizer
      The 1st Asian Synthetic Biology Association
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 長鎖DNA増幅反応RCRと共役した遺伝子編集法2018

    • Author(s)
      俵木彩子、末次 正幸
    • Organizer
      第41回日本分子生物学会年会
  • [Remarks] 研究室WEBページ

    • URL

      https://www2.rikkyo.ac.jp/web/sue-lab/

  • [Patent(Industrial Property Rights)] 無細胞系でDNAを編集する方法2018

    • Inventor(s)
      末次正幸、加納巧希、俵木彩子
    • Industrial Property Rights Holder
      JST
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2018-142274

URL: 

Published: 2019-12-27  

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