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2009 Fiscal Year Annual Research Report

発現情報に基づくがん個性診断法の開発

Research Project

Project/Area Number 17015008
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

油谷 浩幸  The University of Tokyo, 先端科学技術研究センター, 教授 (10202657)

Keywordsゲノム / がん / 遺伝子 / マイクロアレイ / エピゲノム / DNAメチル化 / 染色体欠失
Research Abstract

1癌における発現プロファイル異常の体系的解明
染色体異常、DNAメチル化、遺伝子変異はそれぞれ発現プロファイルに反映されると考えられ、肝細胞癌100症例についてそれぞれSNPアレイ、Infiniumアレイ、エクソンシーケンシングによる解析を進めた。配列解析を行った25例中6例にβ-catenin遺伝子変異が認められた。
2「がん個性」診断アルゴリズムの開発
MeDIP-chip法にて大腸癌細胞株HCT116およびSW480と正常大腸を比較し、プロモーター領域が異常メチル化された遺伝子として新規メチル化マーカーを44個選出し、従来のマーカー16個と合わせた60領域のメチル化状態を質量分析法で定量解析したところ、大腸癌149症例は3つのエピジェノタイプに分類された。高メチル化群とBRAF遺伝子変異、中間メチル化群とKRAS遺伝子変異に強い相関が認められ、低メチル化群と合わせ、これらは大腸癌発生の異なる分子機構を示唆していると考えられた。KRAS変異(+)の中間メチル化群症例は有意に予後が不良であり、今回のエピジェノタイピングは臨床的にも重要と思われ、決定木によるタイプ判定法を開発した。
3新規バイオマーカーによる診断法の開発への展開
子宮体癌組織から抽出したゲノムDNAを用いてSNP解析アレイを用いた包括的アレル別コピー数解析およびマイクロサテライト不安定性(MSI)の解析を併せて実施し、予後との関連を検討した。アレル別コピー数解析は正常細胞の混入が避けられない臨床検体においてもPTEN遺伝子をはじめとするホモ欠失領域の同定および、コピー数変化を伴わないuniparental disomy(UPD)領域の同定に有効であった。コピー数変化の乏しい症例の半数はMSI陽性である一方、染色体不安定性陽性群は予後が不良であり、バイオマーカーとして有用であると思われた。

  • Research Products

    (18 results)

All 2010 2009 Other

All Journal Article (9 results) (of which Peer Reviewed: 9 results) Presentation (8 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Identification of genes preferentially methylated in hepatitis C virus-related hepatocellular carcinoma2010

    • Author(s)
      Deng YB
    • Journal Title

      Cancer Science 101(in press)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Identification of chromosomal aberrations of metastatic potential in colorectal carcinoma2010

    • Author(s)
      Yamamoto S
    • Journal Title

      Genes Chromosomes and Cancer 49

      Pages: 487-496

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Three DNA Methylation Epigenotypes in Human Colorectal Cancer2010

    • Author(s)
      Yagi K
    • Journal Title

      Clinical Cancer Research 16

      Pages: 21-33

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Gene set enrichment analysis provides insight into novel signalling pathways in breast cancer stem cells2010

    • Author(s)
      Murohashi M
    • Journal Title

      British Journal of Cancer 102

      Pages: 206-212

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Genome-wide single nucleotide polymorphism arrays in endometrial carcinomas associate extensive chromosomal instability with poor prognosis and unveil frequent chromosomal imbalances involved in PI3-kinase pathway2009

    • Author(s)
      Murayama-Hosokawa S
    • Journal Title

      Oncogene 29

      Pages: 1897-1908

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Identification of Cystatin SN as a novel tumor marker for colorectal cancer2009

    • Author(s)
      Yoneda K
    • Journal Title

      Int J Oncol. 35

      Pages: 33-40

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The oncogenic mutation in the pleckstrin homology domain of AKT1 in endometrial carcinomas2009

    • Author(s)
      Shoji K
    • Journal Title

      British Journal of Cancer 101

      Pages: 145-148

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Diffuse-Type Gastric Carcinoma : Progression, Angiogenesis, and Transforming Growth Factor{beta}Signaling2009

    • Author(s)
      Komuro A
    • Journal Title

      J Natl Cancer Inst. 101

      Pages: 592-604

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Glypican-3 expression in clear cell adenocarcinoma of the ovary2009

    • Author(s)
      Maeda D
    • Journal Title

      Modern Pathology 22

      Pages: 824-832

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Cancer exome2009

    • Author(s)
      油谷浩幸
    • Organizer
      第32回日本分子生物学会
    • Place of Presentation
      Yokohama
    • Year and Date
      2009-12-10
  • [Presentation] Personalized medicine in cancer2009

    • Author(s)
      油谷浩幸
    • Organizer
      20th Asia Pacific Cancer Conference
    • Place of Presentation
      Tsukuba
    • Year and Date
      2009-11-12
  • [Presentation] Epigenetic dynamics2009

    • Author(s)
      油谷浩幸
    • Organizer
      2009 International Conference on Genomics-Human and Beyond
    • Place of Presentation
      Shenzhen, China
    • Year and Date
      2009-11-04
  • [Presentation] Genomic medicine2009

    • Author(s)
      油谷浩幸
    • Organizer
      第19回日本医療薬学会
    • Place of Presentation
      Nagasaki
    • Year and Date
      2009-10-25
  • [Presentation] Cancer epigenomics2009

    • Author(s)
      油谷浩幸
    • Organizer
      第68回日本癌学会総会
    • Place of Presentation
      Yokohama
    • Year and Date
      2009-10-03
  • [Presentation] Integrated analysis of genomic and epigenomic alterations in liver cancer2009

    • Author(s)
      油谷浩幸
    • Organizer
      Cold Spring Harbor meeting on Personal genomes
    • Place of Presentation
      Cold Spring Harbor, USA
    • Year and Date
      2009-09-15
  • [Presentation] Integrated analysis of genetic and epigenetic alterations in cancer2009

    • Author(s)
      油谷浩幸
    • Organizer
      8th International Workshop on Advanced Genomics
    • Place of Presentation
      Tokyo
    • Year and Date
      2009-06-18
  • [Presentation] Integrated analysis of genetic and epigenetic alterations in liver cancer2009

    • Author(s)
      油谷浩幸
    • Organizer
      3rd International Kobe Liver Symposium
    • Place of Presentation
      Kobe
    • Year and Date
      2009-06-06
  • [Remarks]

    • URL

      http://www.genome.rcast.u-tokyo.ac.jp/

URL: 

Published: 2011-06-16   Modified: 2016-04-21  

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