2005 Fiscal Year Annual Research Report
生体メカニズムの物質変換構造を明らかにするための相互作用マップ
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17017006
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
有田 正規 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 助教授 (10356389)
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| Keywords | バイオポータル / 代謝 / 質量分析 / 化合物データベース |
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| Research Abstract |
・新しいウェブサイトの構築
これまでhttp://www.metabolome.jp/で代謝経路の検索ソフトウェアを英語で公開してきたが、今回、サイトを一新し、代謝関連の情報を日本語で閲覧できるポータルサイトとして機能させることにした。このサイトでは、研究成果だけでなく生薬や健康補助食品といった身の回りの代謝情報も集めている。
新しく追加する内容は主に、質量分析に重要なマススペクトル解析に必要なデータ、および植物二次代謝に関するデータである。
・GC/MSのフラグメントイオンと質量の相関データ作成
McRaffarty著"Mass Spectral Correlations"という書籍に掲載された、GC/MSにおけるフラグメントイオンとその精密質量の関係を全てテキストデータ化、ウェブサイトで検索可能とした。
・代謝物と質量の関連データ作成
基礎代謝や薬物に関連するおよそ10万物質の組成式と精密質量、名前をあらわすデータを作成し、ウェブサイトで検索対象とした。同時に、質量数1000以下のペプチドデータも作成し、検索対象としている。
・大腸菌代謝経路のアップデート
2003年度のアノテーション情報をもとに作成してあった大腸菌の基礎代謝マップを見直し、ここ数年の論文サーベイ結果に基づいて新しい代謝マップを構築した。これらは順次新しいウェブサイトで公開する予定。
・物質構造MOLファイルの総チェック
これまで利用してきた代謝物構造のファイル(MOL形式)に新しいID番号付けを施し、また同時に構造の重複、不斉炭素の情報について再度チェックをおこなった。
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