2008 Fiscal Year Annual Research Report
生体メカニズムの物質変換構造を明らかにするための相互作用マップ
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17017006
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
有田 正規 The University of Tokyo, 大学院・新領域創成科学研究科, 准教授 (10356389)
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| Keywords | 代謝 / フラボノイド / データベース / 分子構造 |
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| Research Abstract |
フラボノイドのデータベース作成
前年度に引き続きフラボノイドのデータベースを作成した。フラボノイド約7000分子について辞書等から文献情報を拾い出して整理し、およそ5000文献中から20000件の植物-代謝物の対応情報を電子データ化した。またおよそ1,100フラボノイドについて、構造を反映させた名称を入力する作業を行った。糖の立体構造表記も統一されていなかったので、1610フラボノイドについて糖鎖部分を修正し、統一した書式とした。
データベースシステムの移植
これまでJava appletとMySQLによりでデータベースを構築してきたが、今回、全データをMediaWikiと呼ばれるWikipediaのために開発されたシステムに移植した。MediaWikiによるシステムは従来のデータベース構築に比較して修正やメンテナンスが格段に容易であり、外部ユーザの書き込みやディスカッションも可能になった。
糖認識アルゴリズムの開発
糖の立体構造表記法であるHaworth法で描かれたXY二次元座標情報から、グルコースやガラクトース等のタイプを判定するアルゴリズムを開発した。またそのアルゴリズムをフラボノイドのデータベースに適用し、ラムノースが付加される位置に特徴があることを明らかにした。
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