カイコゲノムの物理地図と転写地図の整備ならびに機能解析システムの確立

2008 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 17018007
• Research Institution: The University of Tokyo
• Principal Investigator: 嶋田 透 The University of Tokyo, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (20202111)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 勝間 進 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 准教授 (20378863)
• Keywords: SAGE解析 / 完全長cDNA / Fosmidライブラリー / 進化 / 鱗翅目昆虫

Research Abstract

1. 完全長cDNAの解析
すでに種々の組織や細胞の完全長cDNAライブラリーから、計約42,000クローンの末端配列(EST)を解読している。今年度は、それらのうち数百クローンについて従来法で内部配列を決定するとともに、5000クローンのcDNAを準備し、Solexaシークエンサーによって解析した。
2. 卵巣に存在する低分子RNAの構造と機能
蛹期のカイコ卵巣には29nt程度のサイズの低分子RNAが多量に存在している。そのうち、約4万種類の低分子RNAの塩基配列を解読し、ゲノムの塩基配列へ照合したところ、染色体あたり数カ所以上の特定の領域に集中してヒットした。また、それら低分子RNAと相互作用する分子の候補としてSIWIおよびBmAG03の遺伝子をクローニングし、生殖巣特異的な発現を明らかにした。
3. クワコゲノムとカイコゲノムの比較
カイコの野生種クワコのfosmidライブラリーから76,608クローンの5'および3'末端の塩基配列を支援班(遺伝研・小原研究室)の協力で決定し、カイコのゲノムと比較した結果、SNPsの頻度は、クワコ・カイコ間で2.3%であった。支援斑の森下真一教授(東大)の協力を得て、クワコにおける大きな挿入のあるfosmidを100数十クローン拾い出した。
また,カイコの家畜化の過程を解明するために、クワコ特有の形質(飛翔・擬態・夏眠・体表斑紋・幼虫俳徊・分散型産卵・繭形など)をマッピングすることが有効と思われるので、クワコの染色体を置換したカイコの系統を作る作業を開始した。

Research Products

• [Journal Article] Prominent down-regulation of storage protein genes after bacterial challenge in eri-silkworm, Samia cynthia ricini. (2008)
  • Author(s): Meng, Y., Omuro, N., Funaguma, S., Daimon, T., Kawaoka, S., Katsuma, K., and Shimada, T.
  • Journal Title: Arch. Insect Biochem. Physiol. 67 Pages: 9-19
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Functional analysis of four Gloverin-like genes in the silkworm, Bombyx mori. (2008)
  • Author(s): Kawaoka, S., Katsuma, S., Daimon, T., Isono, R., Omuro, S., Mita, K., and Shimada, T.
  • Journal Title: Arch. Insect Biochem. Physiol. 67 Pages: 87-96
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Developmentally synchronized expression of two Bombyx mori Piwi subfamily genes, SIWI and BmAGO3 in germ-line cells. (2008)
  • Author(s): Kawaoka, S., Minami, K., Katsuma, S., Mita, K., and Shimada, T.
  • Journal Title: Biochem. Biophys. Res. Commun. 367 Pages: 755-760
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Beta-fructofuranosidase genes of the silkworm, Bombyx mori : Insight into enzymatic adaptation of B. mori to toxic alkaloids in mulberry latex. (2008)
  • Author(s): Daimon, T., Taguchi, T., Meng, Y., Katsuma, S., Mita, K., and Shimada, T.
  • Journal Title: J. Biol. Chem. 283 Pages: 15271-15279
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Functional characterization of chitinase from Cydia pomonella granulovirus. (2007)
  • Author(s): Daimon, T., Katsuma, S., Kang, W.-K., and Shimada, T.
  • Journal Title: Arch. Virol. 152 Pages: 1655-1664
  • Peer Reviewed
• [Presentation] Deletion mapping of the od gene which causes translucent larval skin in the silkworm Bombyx mori (2007)
  • Author(s): Tsuguru Fujii, Hiroaki Abe, Shinpei Kawaoka, Susumu Katsuma, Kazuei Mita, Toru Shimada
  • Organizer: International Congress of Insect Biotechnology & Industry (ICIBI)
  • Place of Presentation: Daegu, Republic of Korea
  • Year and Date: 20070819-24
• [Presentation] カイコのゲノム解析の現状とモデル生物としての意義 (2007)
  • Author(s): 嶋田透
  • Organizer: 日本薬学会関東支部 学術講演会(薬学領域研究における線虫・ショウジョウバエ・カイコの有用性)
  • Place of Presentation: 日本薬学会長井記念ホール
  • Year and Date: 2007-10-20
• [Presentation] Baculovirus infection modulates the signaling pathways of host insects (2007)
  • Author(s): Susumu KATSUMA and Toru SHIMADA
  • Organizer: Baculovirus Satellite Symposium : New Directions in Baculovirus Research (Co-conveners: G. Blissard, P. Friesen, Y. Matsuura, G. Rohrmann)
  • Place of Presentation: American Society for Virology Annual Conference, Corvallis, Oregon, USA
  • Year and Date: 2007-07-14