2008 Fiscal Year Annual Research Report
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17018020
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
福澤 秀哉 Kyoto University, 生命科学研究科, 准教授 (30183924)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
長谷部 光泰 基礎生物学研究所, 生物進化研究部門, 教授 (40237996)
河内 孝之 京都大学, 生命科学研究科, 教授 (40202056)
大和 勝幸 京都大学, 生命科学研究科, 助教 (50293915)
日渡 祐二 基礎生物学研究所, 生物進化研究部門, 助教 (10373193)
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| Keywords | 緑藻 / 二酸化炭素 / 蘚苔類 / ゲノム / 生殖 / 光合成 / 形態形成 / 完全長Cdna |
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| Research Abstract |
クラミドモナスについては、雄株(C-9株, mt-)についてゲノム長10倍カバレッジのBACとFOSHIDライブラリーを作製した. そのBACクローン1万個の両末端配列(2万リード)をJGIのゲノム配列と比較することで、ミスアセンブルミスやScaffold間の新たな連結を明らかにした. ドラフト配列(17本の染色体)にアセンブルされなかった71個のScaffold中20個のScaffoldがBACクローンにより染色体と連結できることが判明した. 完全長cDNAの位置情報をドラフトゲノム上に表示するデータベースを構築した。無機炭素濃縮系が, 強光ストレスと低CO2ストレスの相互作用に依存することをトランスクリプトーム解析により初めて示した. 接合子形成不全を起こす突然変異株を用いることで、細胞間認識によって誘導される遺伝子群及び細胞融合によって誘導される遺伝子群を明らかにした.
ゼニゴケ標準系統の雄株葉状体および原糸体由来の完全長cDNAの両末端配列各6万リードから、約6万の新規配列を得た。この内, タンパク質コード領域全長をもつのは5, 194配列だった。dCAPSおよびSSRマーカー110個を用いて全長約900cMの遺伝地図を作成した。連鎖群の数は8となり、ゼニゴケの常染色体数と一致した。恒常的に生殖成長を行う変異体の表現型に連鎖する配列を調べたところ、作成した遺伝地図の第7連鎖群の末端部にマップできた。アグロバクテリアを用いた簡便な形質転換法を確立した.
ヒメツリガネゴケについては、SMPs収集のため、約100のF1ラインからDNA抽出を行った。支援班のもと、完全長cDNA全長配列、5'SAGEデータ、3'UTR配列、ならびに、公開されているWGSデータを含む配列情報を取り込み、リアノテーションを行い、SOLiDを用いたデジタル発現データ、ChIP-seqデータを同時に閲覧できるようにした。イオンビームを用いて茎葉体形成不全になる変異体を複数単離した。ゲノムタイリングアレイを用いて、欠失部位を特定することに成功した。
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