2009 Fiscal Year Annual Research Report
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17018020
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
福澤 秀哉 京都大学, 生命科学研究科, 教授 (30183924)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
長谷部 光泰 京都大学, 基礎生物学研究所・生物進化研究部門, 教授 (40237996)
河内 孝之 京都大学, 生命科学研究科, 教授 (40202056)
大和 勝幸 近畿大学, 生物理工学部, 准教授 (50293915)
日渡 祐二 京都大学, 基礎生物学研究所・生物進化研究部門, 助教 (10373193)
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| Keywords | 光合成 / 環境応答 / 生殖 / 緑藻 / 苔類 / 蘚類 / ゲノム / 次世代シーケンサー |
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| Research Abstract |
植物に特徴的な諸機能(光合成環境応答/生殖/形態形成)の進化と多様性を理解する為に、緑藻クラミドモナス・苔類ゼニゴケ・蘚類ヒメツリガネゴケに着目し,以下の点を明らかにした。(1)クラミドモナス雄株(C-9株,mt-)ゲノムBAC(1万)及びFOSMID(23,000)の両末端配列を決定し、Scaffold間の連結を明らかにした.17本の染色体にアセンブルされなかった71個のScaffold中20個のScaffoldについて染色体上の位置を決定した。雄株特異的染色体領域約160kbの配列を決定し,新たな性特異的遺伝子を同定した。完全長cDNA・EST情報・遺伝子モデル・SOLEXAデータをゲノム上に表示し,検索可能なデータベースKCGDを構築した。CO2と光環境に応答するLCIBならびに転写調節因子LCR1のターゲット遺伝子LCI1の機能を明らかにした。(2)ゼニゴケ雄株Tak-1由来完全長cDNAを用いてEST情報を新たに6,567件取得した。この情報から雄株Tak-1株と雌株Kit-2株間の多型(性染色体に由来するものを除く)を探索し、113個のSNPs/SSRsマーカーを作成し連鎖解析を行ったところ、110個のマーカーから常染色体数と一致する8個の連鎖群が得らた。PACクローンの配列から,100 kb毎に約7個の遺伝子が存在した。(3)ヒメツリガネゴケでは、25万のEST・完全長cDNA全長配列、5'SAGEデータ、3'UTR配列・SOLiD発現データ、ChIP-seqデータを同時に閲覧できるデータベースを構築した。X8のBACゲノムライブラリー作成とその末端配列決定による再アセンブルを行った。イヌカタヒバ、クラミドモナスなどのゲノムデータを取り入れ、約700の発生関連遺伝子の系統解析を行い、陸上植物の発生遺伝子の進化傾向を推定した。
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Research Products
(9 results)
