2007 Fiscal Year Annual Research Report
比較ゲノム解析による進化・多様性のゲノム基盤の解明支援
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17018030
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| Research Institution | National Institute of Informatics |
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Principal Investigator |
藤山 秋佐夫 National Institute of Informatics, 情報学プリンシプル研究系, 教授 (60142311)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
黒木 陽子 理化学研究所, 比較システム解析研究チーム, 研究員 (10344037)
堀 寛 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (60116663)
豊田 敦 理化学研究所, シーケンス技術チーム, 上級研究員 (10267495)
鈴木 穣 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 准教授 (40323646)
久原 哲 九州大学, 大学院・農学研究院, 教授 (00153320)
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| Keywords | ゲノム / 比較ゲノム / バイオテクノロジー / ハイスループット解析 / 遺伝学 / 遺伝子 / ゲノムライブラリ |
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| Research Abstract |
比較ゲノム研究では、多様な生物種のゲノム構造情報や機能情報を比較解析し、それらを有機的に結合させることで研究が進展する。ゲノムを対象とした研究では、必要な試料の収集とリソース化、各種のゲノムDNAやcDNAライブラリの整備、高精度地図の作製、ライブラリスクリーニング、塩基配列決定等、各研究班に共通して必要だが特別な技術やシステムを必要とし、個別の研究班で対応するよりは領域全体として整備した方が効率的なものや、配列アセンブリ、比較配列解析、マイクロアレイ解析、統計解析のように、特別な知識や経験を有するエキスパートの支援を必要とするものがある。当班は、これら比較ゲノム研究の推進に必要で、しかも共通性の高い項目について研究支援を行うことを目的に活動する。また支援班である本班は、研究活動は実施しない。
今年度の本班の活動は、前年度からの継続分に加え、今年度は新たに以下の支援を実施した。
研究用リソース作成支援:ミヤコグサ、ヒメツリガネゴケ、クラミドモナスについて、複数条件下でcDNAライブラリを作成。Acytostelium粘菌の、BACライブラリ、フォスミドライブラリの作成。
シーケンシングと配列解析支援(基盤ゲノム小原班、基盤ゲノム情報支援班、基盤ゲノム菅野班とも連携:Acytostelium属粘菌cDNAシーケンシング。Acytostelium粘菌のBAC&フォスミドクローンの末端配列解析。クジラBACコンティグの配列決定シクリッド嗅覚遺伝子を含むBACの配列決定。寄生性原虫cDNAの配列決定。パンコムギESTシーケンシング。また、今年度、新たに超並列型シーケンサ、レーザーダイセクション装置、定量PCR装置を導入し、稼働テストを行った。これらの装置については平成20年度から一般支援に供する予定である。
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