比較ゲノム解析による進化・多様性のゲノム基盤の解明支援

2008 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 17018030
• Research Institution: National Institute of Informatics
• Principal Investigator: 藤山 秋佐夫 National Institute of Informatics, 情報学プリンシプル研究系, 教授 (60142311)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 黒木 陽子 独立行政法人理化学研究所, 生命情報基盤研究部門, 研究員 (10344037) ; 豊田 敦 情報・システム研究機構・国立遺伝学研究所, 特任准教授 (10267495) ; 久原 哲 九州大学, 大学院・農学研究院, 教授 (00153320) ; 笠原 雅弘 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 特任助教 (60376605) ; 鈴木 穣 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 准教授 (40323646)
• Keywords: 比較ゲノム / ゲノム科学 / ゲノム情報 / 染色体 / 遺伝学 / 次世代シークエンシング / ライブラリ / 配列決定

Research Abstract

比較ゲノム研究では、多様な生物種のゲノム構造情報や機能情報を比較解析し、それらを有機的に結合させることで研究が進展する。ゲノムを対象とした研究では、必要な試料の収集とリソース化、各種のゲノムDNAやcDNAライブラリの整備、高精度地図の作製、ライブラリスクリーニング、塩基配列決定等、多研究班に共通して必要だが特別な技術やシステムを必要とし、個別の研究班で対応するよりは領域全体として整備した方が効率的なものや、配列アセンブリ、比較配列解析、マイクロアレイ解析、統計解析のように、特別な知識や経験を有するエキスパートの支援を必要とするものがある。当班は、これら比較ゲノム研究の推進に必要で、しかも共通性の高い項目について研究支援を行うことを白的に活動する。また支援班である本班は、研究活動は実施しない。
今年度は新たに以下の支援を実施した。
シーケンシング支援 : 全ゲノムを対象 : 3件、BAC・フォスミド・cDNAクローン全長配列決定 : 11件、BAC・フォスミドライブラリ末端配列決定 : 1件、cDNAライブラリエンド配列決定 : 6件、PCR産物を用いたゲノムリシーケンシング : 2件、GAIIによる支援(ゲノム・メタゲノム) : 6件、GAIIによる支援(トランスクリプト) : 2件、
ライブラリ・リソース構築支援 : BAC・フォスミドライブラリ作成 : 4件、完全長cDNAライブラリ作成 : 2件、マイクロアレイ技術支援 : 1件

Research Products

• [Journal Article] High-resolution analysis of the 5'-end transcriptome using a next generation DNA sequencer (2009)
  • Author(s): S. Hashimoto, et.al., including Y. Suzuki
  • Journal Title: PLoS ONE 4 Pages: e4108
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] The amphioxus genome and the evolution of the chordate karyotype (2008)
  • Author(s): Putnam NH, et.al, including Y. Kuroki and A. Fujiyama
  • Journal Title: Nature 453 Pages: 1064-1071
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Large-scale microfabricated channel plates for high-throughput, fully automated DNA sequencing (2008)
  • Author(s): Kumagai H, et.al., including A. Toyoda
  • Journal Title: Electrophoresi 23 Pages: 4723-4732
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Genome of an endosymbiont coupling N2 fixation to cellulolysis within protist cells in termite gut (2008)
  • Author(s): Hongoh Y, et.al., including A. Toyoda
  • Journal Title: Science 322 Pages: 1108-1109
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Complete genome of the uncultured Termite Group 1 bacteria in a single host protist cell (2008)
  • Author(s): Hongoh Y, et.al., including A. Toyoda
  • Journal Title: Proc Natl Acad Sci U S A 105 Pages: 5555-5560
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] The genome of a lepidopteran model insect, the silkworm Bombyx mori (2008)
  • Author(s): The International Silkworm Genome Consortium including A. Fujiyama and Y. Suzuki
  • Journal Title: Insect Biochemistry and Molecular Biology 38 Pages: 1036-1045
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] BAC library construction and BAC end sequencing of five Drosophila species : the comparative map with the D. melanogaster genome (2008)
  • Author(s): K. Murakami, et.al., including A. Fujiyama, A. Toyoda and Y. Kuroki
  • Journal Title: Genes & Genetic Systems 83 Pages: 245-256
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Opalin, a transmembrane sialylglycoprotein located in the CNS myelin paranodal loop membrane (2008)
  • Author(s): F. yoshikawa, et.al., including Y. Suzuki
  • Journal Title: J Biol Chem 283 Pages: 20830-20840
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Massive transcriptional start site analysis of human genes in hypoxia cells (2008)
  • Author(s): K. Tsuchihara, et.al., including Y. Suzuki
  • Journal Title: Nucleic Acids Res Feb 22 Pages: Epub, Feb 22
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Transcriptome analysis and identification of regulators for long-term plasticity in Aplysia kurodai (2008)
  • Author(s): YS. Lee, et.al., including Y. Suzuki
  • Journal Title: Proc Natl Aced Sci USA 105 Pages: 18602-18607
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Low conservation and species-specific evolution of alternative splicing in humans and mice : comparative genomics analysis using well-annotated full-length cDNAs (2008)
  • Author(s): J. Takeda, et.al., including Y. Suzuki
  • Journal Title: Nucleic Acids Res 36 Pages: 6386-6395
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Expressed sequence tags from cynomolgus monkey (Macaca fascicularis) liver : A systematic identification of drug-metabolizing enzymes (2008)
  • Author(s): Y. Uno, et.al., including Y. Suzuki
  • Journal Title: FEBS Lett. 582 Pages: 351-358
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Large-scale analysis of Macaca fascicularis transcripts and inference of genetic divergence between M. fascicularis and M. mulatta (2008)
  • Author(s): N. Osada, et.al., including Y. Suzuki
  • Journal Title: BMC Genomics 9 Pages: 90
  • Peer Reviewed
• [Presentation] 超高速シークエンスシステムを用いたゲノム解析 (2009)
  • Author(s): 豊田敦
  • Organizer: 日本農芸化学会2009年度大会
  • Place of Presentation: 福岡
  • Year and Date: 2009-03-29
• [Presentation] 次世代シークエンシングシステムとゲノム解析 (2009)
  • Author(s): 豊田敦
  • Organizer: かずさDNA研究所ワークショップ「遺伝的多様性に基づく有用遺伝子座の探索」
  • Place of Presentation: かずさDNA研究所(木更津)〈千葉〉
  • Year and Date: 2009-03-25
• [Presentation] ゲノム解析が明らかにしたシロアリ腸内原生生物細胞内共生細菌の空中窒素固定能 (2009)
  • Author(s): 本郷裕一、Vineet K. Sharma、Tulika Prakash、榊佳之、豊田敦、服部正平、大熊盛也
  • Organizer: 第3回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 2009-03-05
• [Presentation] Computer system design for efficient data-driven discovery using next-generation sequencers (2008)
  • Author(s): Masahiro Kasahara and Shinichi Morishita
  • Organizer: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会(BMB2008)
  • Place of Presentation: 神戸(兵庫)
  • Year and Date: 20081209-12
• [Presentation] Effect of hyper-parallel sequencers on comparative genomics (2008)
  • Author(s): Asao Fujiyama, Atsushi Toyoda, Yoko Kuroki, Tadasu Shin-I, Yuji Kohara
  • Organizer: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会(BMB2008)
  • Place of Presentation: 神戸(兵庫)
  • Year and Date: 20081209-12
• [Presentation] 緑藻クラミドモナスの完全長cDNA配列解析とゲ (2008)
  • Author(s): 久保雄昭, 山野隆志, 佐竹知也, 鈴木穣, 菅野純夫, 藤山秋佐夫, 黒木陽子, 小原雄治, 新井理, 伊藤武彦, 福澤秀哉
  • Organizer: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会(BMB2008)
  • Place of Presentation: 神戸(兵庫)
  • Year and Date: 20081209-12
• [Presentation] 立襟鞭毛虫Monosiga ovataゲノムプロジェクト : II. 動物の初期進化における遺伝子多様化 (2008)
  • Author(s): 岩部直之, 隈啓一, 加藤和貴, 藤博幸, 廣瀬希, 佐々木剛, 菅裕, 宮田隆, 鈴木穣, 笠原雅弘, 新井理, 大石加寿子, 鹿児島浩, 豊田敦, 黒木陽子, 菅野純夫, 森下真一, 小原雄治, 藤山秋佐夫
  • Organizer: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会(BMB2008)
  • Place of Presentation: 神戸(兵庫)
  • Year and Date: 20081209-12
• [Presentation] 立襟鞭毛虫Monosiga ovataゲノムプロジェクト : I. ゲノム (2008)
  • Author(s): 隈啓一, 岩部直之, 加藤和貴, 藤博幸, 廣瀬希, 菅裕, 宮田隆, 鈴木穣, 笠原雅弘, 新井理, 大石加寿子, 鹿児島浩, 豊田敦, 黒木陽子, 菅野純夫, 森下真一, 小原雄治, 藤山秋佐夫
  • Organizer: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会(BMB2008)
  • Place of Presentation: 神戸(兵庫)
  • Year and Date: 20081209-12
• [Presentation] オキゴンドウMHC領域のゲノム配列決定と比較ゲノム解析 (2008)
  • Author(s): 渡辺舞, 細道一善, 野口英樹, 黒木陽子, 豊田敦, 田中彰, 猪子英俊, 藤山秋佐夫, 椎名隆
  • Organizer: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会(BMB2008)
  • Place of Presentation: 神戸(兵庫)
  • Year and Date: 20081209-12
• [Presentation] Comparative analysis of glutamate receptor gene family between human and chimpanzee (2008)
  • Author(s): Hiroki Shibata, Hiroki Goto, Kazunori Watanabe, Yoko Kuroki, Atsushi Toyoda, Masahira Hattori, Yoshiyuki Sakaki, Asao Fujiyama, Yasuyuki Fukumaki
  • Organizer: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会(BMB2008)
  • Place of Presentation: 神戸(兵庫)
  • Year and Date: 20081209-12
• [Presentation] Comprehensive analyses of Y chromosomes toward understanding of the male-specific genome functions (2008)
  • Author(s): Yoko Kuroki, Atsushi Toyoda, Shouji Tatsumoto, Yoshiyuki Sakaki and Asao Fujiyama
  • Organizer: 2008 Cold Spring Harbor Laboratory Meeting on the Biology of Genomes
  • Place of Presentation: Cold Spring Harbor, USA
  • Year and Date: 20080506-10
• [Presentation] Short Readシーケンサーによるゲノム解析 (2008)
  • Author(s): 豊田敦
  • Organizer: 第3回バイオインフォマティクス研究者と医学研究者の交流会
  • Place of Presentation: 柏(千葉)
  • Year and Date: 2008-11-22
• [Presentation] The gene expression networks of Clostridium perfringens strain 13 from gene expression profiles (2008)
  • Author(s): Hirakawa H, Ohno M, Furuichi E, Otani K, Shimizu T, Kuhara S.
  • Organizer: ECCB'08 European Conference on Computational Biology
  • Place of Presentation: Cagliari, Sardinia, Italy
  • Year and Date: 2008-09-25
• [Presentation] Complete genome of the uncultured "Termite Group 1" bacteria in a single host protist cell (2008)
  • Author(s): Y. Hongoh, V. K. Sharma, T. Prakash, A. Toyoda, M. Hattori, M. Ohkuma
  • Organizer: The 12th International Symposium on Microbial Ecology (ISME12)
  • Place of Presentation: Cairns, Australia
  • Year and Date: 2008-08-17
• [Presentation] 次世代シークエンスシステムを用いたゲノム解析 (2008)
  • Author(s): 豊田敦
  • Organizer: 特定領域研究「比較ゲノム」情報系研究会
  • Place of Presentation: 福岡
  • Year and Date: 2008-06-13
• [Remarks]
  • URL: http://www.genome-sci.jp/