2008 Fiscal Year Annual Research Report
高精度比較ゲノム地図の作成と、それに基づいた比較ゲノム構造解析研究
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17018031
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| Research Institution | National Institute of Informatics |
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Principal Investigator |
藤山 秋佐夫 National Institute of Informatics, 情報学プリンシプル研究系, 教授 (60142311)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
黒木 陽子 独立行政法人理化学研究所, 生命情報基盤研究部門, 研究員 (10344037)
豊田 敦 情報・システム研究機構・国立遺伝学研究所, 特任准教授 (10267495)
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| Keywords | 比較ゲノム / ゲノム科学 / ゲノム情報 / 染色体 / 遺伝学 |
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| Research Abstract |
ヒト19番染色体長腕サブテロメア領域と、それに対応するチンパンジー、オランウータンのゲノム構造解析、ゴリラサブテロメア領域由来クローンの解析については、現在のヒト参照配列内にサブテロメア領域がが含まれていなかったため、まず、この領域のクローン地図作製を行った。この領域に対応するチンパンジーとオランウータンのゲノム領域も解析を進め、チンパンジーについては、ヒト19番長腕サブテロメア領域近傍のクローン地図を完成した。
また、ゴリラ全ゲノムフォスミドライブラリーから単離したサブテロメテ領域由来のクローシを染色体上にセッピングし、複数の染色体のサブテロメア領域に相同性を示すクローンを得た。
哺乳類Y染色体の比較ゲノム解析については、新たにオランウータンY染色体特異的フォスミドライブラリーを作成してY染色体サブテロメア領域由来のクローンスクリーニングを実施し、Y染色体の長腕と短腕、それぞれのサブテロメア候補クローンを得ることに成功した。
さらに、霊長類比較ゲノム研究の効率化のため、次世代シーケンサーを用いた染色体特化型ゲノム解析技術の開発を目指した研究を実施し、ヒト21番染色体とY染色体の塩基配列決定を行った。リンパ芽球様細胞株GM130Bからセルソーターを用いて21番染色体(約350万本)を単離し、Genome AnalyzerIIを使用して決定した配列データ(約9224万リード)をヒト標準配列にマッピングするとともにアセンブリにより作成されたコンティグ配列との比較を行った結果、平均重複度33.8xで約36, 600ヵ所のSNPを同定することができた。
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Research Products
(19 results)
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[Presentation] 緑藻クラミドモナスの完全長cDNA配列解析とゲ2008
Author(s)
久保雄昭, 山野隆志, 佐竹知也, 鈴木穣, 菅野純夫, 藤山秋佐夫, 黒木陽子, 小原雄治, 新井理, 伊藤武彦, 福澤秀哉
Organizer
第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会(BMB2008)
Place of Presentation
神戸(兵庫)
Year and Date
20081209-12
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[Presentation] 立襟鞭毛虫Monosiga ovataゲノムプロジェクト : II. 動物の初期進化における遺伝子多様化2008
Author(s)
岩部直之, 隈啓一, 加藤和貴, 藤博幸, 廣瀬希, 佐々木剛, 菅裕, 宮田隆, 鈴木穣, 笠原雅弘, 新井理, 大石加寿子, 鹿児島浩, 豊田敦, 黒木陽子, 菅野純夫, 森下真一, 小原雄治, 藤山秋佐夫
Organizer
第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会(BMB2008)
Place of Presentation
神戸(兵庫)
Year and Date
20081209-12
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[Presentation] 立襟鞭毛虫Monosiga ovataゲノムプロジェクト : I. ゲノム2008
Author(s)
隈啓一, 岩部直之, 加藤和貴, 藤博幸, 廣瀬希, 菅裕, 宮田隆, 鈴木穣, 笠原雅弘, 新井理, 大石加寿子, 鹿児島浩, 豊田敦, 黒木陽子, 菅野純夫, 森下真一, 小原雄治, 藤山秋佐夫
Organizer
第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会(BMB2008)
Place of Presentation
神戸(兵庫)
Year and Date
20081209-12
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