2006 Fiscal Year Annual Research Report
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17019051
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| Research Institution | Kyushu University |
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Principal Investigator |
林 健志 九州大学, 生体防御医学研究所, 教授 (00019671)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
田平 知子 九州大学, 生体防御医学研究所, 助手 (50155230)
堀内 孝彦 九州大学, 大学病院, 講師 (90219212)
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| Keywords | PLACE-SSCP / QSNPlite / プールDNAによるゲノムワイド関連解析 / 日本人確定ハプロタイプ / DHaploDB / SLE / 家族性滲出性硝子体網膜症 / CpGアイランド |
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| Research Abstract |
1.PLACE-SSCP及びシークエンシングの反応を96ウェルプレートで行い、キャピラリーアレイ装置で解析、SNP同定とアレル頻度推定を完了するまでを一貫して管理するWindows上で稼動するソフトウェア「QSNPlite」を開発し、公開した。
2.プールDNAを被検材料としてAffymetrix社100K及び500K SNP chipを用いた定量的解析を行い、プールDNAによるゲノムワイド関連解析を行う方法論を確立した。
3.すでに我々は280K個のSNPに関する日本人確定ハプロタイプと、これに基づいたSNP間連鎖不平衡ビン及びtagSNPを決定し、これらをデータベース(DHaploDB)化して公開している。今回は更に500K個のSNP情報を追加し、このデータベースでの検索法、連鎖不平衡ビン表示法等を改良した。
4.SLEの病態等を根拠に選定した約200個の遺伝子内及びその近傍に在るSNPについて、「pooled DNAのPLACE-SSCP解析」を行い、極めて有力な候補遺伝子を見出した。
5.家族性滲出性硝子体網膜症では、細胞外シグナル分子norrin及びこれの受容体-シグナル伝達系蛋白質であるFrizzled4,Lrp5に突然変異が頻繁に起きていること、及びこの疾患にはエピスタティックな要因が関与していることを発見した。
6.転写開始点を起点とした場合のSNPの分布に周期性があることを発見した。この周期性が146bpであり、CpGアイランドを有する多くの遺伝子の転写開始点付近にヌクレオソームが整然と並んで存在する可能性を提示した。
7.「QSNPIite」ソフトウェアを脳腫瘍組織でのloss of heterozygosity(LOH)解析に応用し、正常組織の混入した腫瘍組織でもLOHを的確に検出可能であることを明らかにし、グリオーマにおける高頻度LOH領域を決定した。
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Research Products
(6 results)
