2007 Fiscal Year Annual Research Report
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17019051
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| Research Institution | Kyushu University |
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Principal Investigator |
田平 知子 Kyushu University, 生体防御医学研究所, 助教 (50155230)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
堀内 孝彦 九州大学, 大学病院, 講師 (90219212)
日笠 幸一郎 九州大学, システム生命学府, 学術研究員 (10419583)
久木田 洋児 九州大学, 生体防御医学研究所, 助教 (60372744)
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| Keywords | 関連解析 / PLACE-SSCP / 自己免疫疾患 / 一塩基多型 / ハプロタイプ |
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| Research Abstract |
1.DNAプールを用いたマイクロアレイによるゲノムワイド関連解析の先行研究として、SLE患者群・対照群のプールDNAを被検材料として500Kアレイによる定量的SNP解析により疾患関連SNPの一次スクリーニングを行った。二次スクリーニングには定量的PLACE-SSCP法を用い、アレイでの定量による擬陽性を除去した。これら2段階の検討で非常に強い関連が示された複数のSNPについてプールに含まれる全試料のタイピングを行い、大部分が疾患と強く関連していることを確認し、この手法の有用性を示した。
2.候補遺伝子アプローチとして、SLEへの関連が疑われる約200個の遺伝子上のSNPについてdbQSNP実験管理システムを利用したDNAプールのPLACE-SSCP解析によりSLEとの関連を検討した。その結果、転写因子IRF5および補体C3の遺伝子等のSNPが疾患と関連していることを見出した。
3.日本人確定ハプロタイプの公開データベース(D-HaploDB)に50万個のSNP情報を追加し更新し、国際ハップマップ計画における日本人ハプロタイプ構造との比較検討を行った。
4.SNP同定とアレル頻度推定のためのPLACE-SSCP及びシークエンシング解析プロセスを一貫して管理するソフトウエア「QSNPlite」を改良し、各実験で得られたアレル頻度データを出力ファイルから収集する機能を追加した。
5.家族性滲出性硝子体網膜症の患者においてWntシグナル伝達系の複数の遺伝子での突然変異を検出した。これらの変異が同経路標的遺伝子の発現へ与える影響を定量し、同経路の阻害と表現型が単純には相関せず発症要因が複合的であることを明らかにした。
6.PLACE-SSCP解析を髄膜腫組織でのヘテロ接合性欠失(LOH)解析に応用し、がん化への関連が示唆される高頻度LOH領域を決定した。
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