2008 Fiscal Year Annual Research Report
| Project/Area Number |
17019051
|
|---|
| Research Institution | Kyushu University |
|---|
Principal Investigator |
田平 知子 Kyushu University, 生体防御医学研究所, 助教 (50155230)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
堀内 孝彦 九州大学, 大学病院, 准教授 (90219212)
久木田 洋児 九州大学, 生体防御医学研究所, 助教 (60372744)
林 健志 九州大学, 生体防御医学研究所, 特任教授 (00019671)
|
|---|
| Keywords | 関連解析 / PLACE-SSCP / 自己免疫疾患 / 一塩基多型 / ハプロタイプ |
|---|
| Research Abstract |
1. 単一精子由来全胞状奇胎DNAをCNVを含む約180万個の多型マーカーについてタイピングした。このうちSNPジェノタイプをD-Haploデータベースに追加し、100万個のSNPからなる確定ハプロタイプを公開した。さらにCNVプローブを含めた解析により日本人ゲノムのCNV領域を探索し、新規CNV領域と推定される領域を多数見出した。
2. 全胞状奇胎DNAのSNP解析から得た日本人確定ハプロタイプ構造(D-HaploDB)と国際HapMap計画による日本人推定ハプロタイプ構造とを比較することにより、推定ハプロタイプの精度に関する問題点を見出した(印刷中)。
3. プールDNAを用いたゲノムワイド関連解析(P-GWAS)により全身性エリテマトーデス(SLE)感受性候補遺伝子を特定した。即ち、疾患/対照各群のプールDNAの500K SNPアレイを用いた定量解析による候補領域の特定(一次スクリーニング)、各プールDNAの定量的PLACE-SSCP解析を用いた関連性の確認と候補ゲノム領域の絞り込み(二次スクリーニング)、上記各群及び追加試料群DNAの個別タイピングによる関連性の確定(三次スクリーニング)を経て非常に強い関連を示す複数のSNPを特定した。複数のサンプル群からの結果をメタアナリシスした場合の有意差はマーカー数での多重検定の補正後も十分に有意であった。同定されたSNPの中には新規なものに加えて、欧米のグループによりSLE関連遺伝子として同定されたものも含まれており、この手法の有用性を示した。
4. マイクロアレイデータの定量的解析により、マイクロダイセクションによって得た脳腫瘍DNAでのヘテロ接合性欠失(LOH)解析を行った。その結果同腫瘍では残存アレルの倍加を伴うLOH現象が高頻度で生じていることを発見し、このような特異な染色体変化が癌化に関わっている可能性を示した。
|
