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2008 Fiscal Year Annual Research Report

SNP解析支援体制の確立と疾患関連遺伝子の同定

Research Project

Project/Area Number 17020003
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

徳永 勝士  The University of Tokyo, 大学院・医学系研究科, 教授 (40163977)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 大橋 順  筑波大学, 大学院・人間総合科学研究科, 准教授 (80301141)
宮寺 浩子  東京大学, 大学院・医学系研究科, 助教 (40361464)
本多 真  東京都医学研究機構, 東京都精神医学総合研究所, 副参事(研究職) (50370979)
慶長 直人  国立国際医療センター研究所, 呼吸器疾患研究部, 部長(研究職) (80332386)
Keywordsゲノム多型 / 疾患遺伝子 / 感染症 / 脳神経疾患 / バイオテクノロジー
Research Abstract

SNP解析支援 : 2型糖尿病について、疾患グループが進める3次スクリーニングのSNP解析を担当し、1個の新規感受性遺伝子KCNQIが同定された。引き続き、再現性検討や絞り込みのためのSNP解析を担当している。アルツハイマー病のGWASタイピングの一部を分担、遂行した。IgA腎症のゲノムワイド連鎖分析のためのSNPタイピングをほぼ終了した。パニック障害について新たに90万SNP arrayを用いたより大規模なGWASタイピングを開始した。また、90万SNP arrayによる健常者集団試料のタイピングデータからゲノム全域のCNVを解析した。さらに、連鎖分析から検出された候補領域のひとつにおいて、やせ型糖尿病患者に関連する新規感受性遺伝子を見出し、マウスを用いた機能解析を行った。
個別的研究 : ナルコレプシーについて、50万SNP arrayを用いたゲノムワイド関連分析に基づいて、新たな感受性領域CPTIB/CHKBを同定した。死後脳を用いた網羅的遺伝子発現解析により見出した新規疾患関連遺伝子IGFBP3についても機能解析を進めている。マラリアについて、マラリア抗原と結合して感染赤血球の凝集を起こすCR1遺伝子のプロモーター多型が脳性マラリア抵抗性と関連し、赤血球表面上のCRI分子の発現量にも影響を与えることを見出した。結核について、ゲノムワイド連鎖分析を完了した。5番染色体と感受性の連鎖が示唆され、さらに若年発症同胞対では17番および20番染色体と感受性の連鎖を検出した。また、SLCl1A1と結核の関連に集団差が報告された背景として、アジア系集団とヨーロッパ系集団は異なるハプロタイプ構造を持つことを明らかにし、ハプロタイプ特異的な遺伝子発現の定量系を構築した。

  • Research Products

    (11 results)

All 2009 2008 Other

All Journal Article (7 results) (of which Peer Reviewed: 7 results) Presentation (2 results) Book (1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Genome-wide SNP-based linkage analysis of tuberculosis in Thais2009

    • Author(s)
      Mahasirimongkol S
    • Journal Title

      Genes Immun 10(1)

      Pages: 77-83

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Variants in KCNQ1 are associated with susceptibility to type 2 diabetes mellitus2008

    • Author(s)
      Yasuda
    • Journal Title

      Nat. Genet 40(9)

      Pages: 1092-1097

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Variant between CPT1 B and CHKB associated with susceptibility to narcolepsy2008

    • Author(s)
      Miyagawa T
    • Journal Title

      Nat. Genet 40(11)

      Pages: 1324-1328

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Evaluating the performance of Affymetrix SNP Array 6.0 platform with 400 Japanese individuals2008

    • Author(s)
      Nishida N
    • Journal Title

      BMC Genomics 9

      Pages: e431-431

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Replication of genome-wide association studies of type 2 diabetes susce ptibility in Japan2008

    • Author(s)
      Horikawa Y
    • Journal Title

      J. Clin. Endocrinol. Metab 93(8)

      Pages: 3136-3141

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Appropriate data cleaning method for genome-wide association study2008

    • Author(s)
      Miyagawa T
    • Journal Title

      J. Hum. Genet 53(10)

      Pages: B86-893

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A functional SNP in the CR1 promoter region contributes to protection against cerebral Malaria2008

    • Author(s)
      Teeranaipong P
    • Journal Title

      J. Infect Dis 198(12)

      Pages: 1880-1891

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] ゲノムワイド関連解析研究(GWAS)による疾患感受性遺伝子の探索とGWASデータベースの開発2008

    • Author(s)
      徳永勝士
    • Organizer
      第31回分子生物学会大会第81回日本生化学会大会合大会
    • Place of Presentation
      神戸(神戸ポートアイランド)
    • Year and Date
      2008-12-10
  • [Presentation] 多因子疾患感受性遺伝子のゲノムワイド探索2008

    • Author(s)
      徳永勝士
    • Organizer
      第53回日本人類遺伝学会大会
    • Place of Presentation
      横浜(パシフィコ横浜)
    • Year and Date
      2008-09-30
  • [Book] 医学のあゆみ「臨床ゲノム-成長と課題」225巻9号(分担執筆)2008

    • Author(s)
      西田奈央、徳永勝士
    • Total Pages
      281(721-725)
    • Publisher
      医歯薬出版株式会社
  • [Remarks]

    • URL

      http://www.humgenet.m.u-tokyo.ac.jp/

URL: 

Published: 2010-06-11   Modified: 2016-04-21  

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